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- PDB-4oya: Human solAC Complexed with (4-Aminofurazan-3-yl)-[3-(1H-benzoimid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oya
タイトルHuman solAC Complexed with (4-Aminofurazan-3-yl)-[3-(1H-benzoimidazol-2-ylmethoxy)phenyl]methanone
要素Adenylate cyclase type 10
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / glucose catabolic process ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / glucose catabolic process / regulation of mitophagy / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cilium / manganese ion binding / ATPase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, type 10 / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1VE / Adenylate cyclase type 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Vinkovic, M.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of human soluble adenylate cyclase reveals a distinct, highly flexible allosteric bicarbonate binding pocket.
著者: Saalau-Bethell, S.M. / Berdini, V. / Cleasby, A. / Congreve, M. / Coyle, J.E. / Lock, V. / Murray, C.W. / O'Brien, M.A. / Rich, S.J. / Sambrook, T. / Vinkovic, M. / Yon, J.R. / Jhoti, H.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月8日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_site / symmetry
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8943
ポリマ－53,4671
非ポリマー4272
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area21690 Å2
2
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,6839
ポリマ－160,4003
非ポリマー1,2826
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area57240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.669, 99.669, 98.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase type 10 / AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / ...AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / Testicular soluble adenylyl cyclase


分子量: 53466.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCY10, SAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96PN6, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-1VE / (4-azanyl-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-[3-(1H-benzimidazol-2-ylmethoxy)phenyl]methanone / ASI-8


分子量: 335.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13N5O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1ul of protein solution was mixed with 1ul of reservoir solution (0.1M sodium acetate, pH 4.8, 0.2M trisodium citrate, 16-18% PEG4K and 10% glycerol) and left to equilibrate at 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→28.77 Å / Num. obs: 35499 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25.15 Å2 / Net I/σ(I): 13.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.11.5精密化
精密化解像度: 2.03→28.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9534 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9236 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1780 5.01 %RANDOM
Rwork0.1611 ---
obs0.1636 35499 99.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0121 Å20 Å20 Å2
2---1.0121 Å20 Å2
3---2.0242 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.207 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→28.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3767 0 31 549 4347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123935HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.065337HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1376SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes582HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it3929HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion500SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5054SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 141 5 %
Rwork0.1932 2681 -
all0.1949 2822 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4006-0.08290.22820.4591-0.16640.6304-0.0277-0.02590.0030.02210.05150.1254-0.047-0.1524-0.0238-0.06260.01780.0074-0.02870.0228-0.03121.717725.4965-2.1454
20.1986-0.0367-0.1017-0.1086-0.115700.0003-0.001-0.0072-0.0031-0.00210.0032-0.0059-0.00460.0018-0.0174-0.00060.02240.01270.03380.006217.15125.5913-3.1873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|468 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|501 - A|501 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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