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万見
- PDB-4owr: Vesiculoviral matrix (M) protein occupies nucleic acid binding si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4owr
タイトルVesiculoviral matrix (M) protein occupies nucleic acid binding site at nucleoporin pair Rae1-Nup98
要素
  • Matrix protein
  • Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
  • mRNA export factor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / mRNA export / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / host cell nuclear membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly ...symbiont-mediated suppression of host transcription initiation from RNA polymerase II promoter / host cell nuclear membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / RNA export from nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / mitotic spindle pole / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / cellular response to organic cyclic compound / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / mRNA export from nucleus / nuclear pore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / HCMV Late Events / ubiquitin binding / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / molecular condensate scaffold activity / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / fibrillar center / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / microtubule binding / nuclear membrane / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / transcription coactivator activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / viral envelope / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2360 / VSV matrix protein / VSV matrix protein / Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2360 / VSV matrix protein / VSV matrix protein / Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Arc Repressor Mutant, subunit A / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / mRNA export factor RAE1 / Matrix protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Ren, Y. / Quan, B. / Seo, H.S. / Blobel, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Vesiculoviral matrix (M) protein occupies nucleic acid binding site at nucleoporin pair (Rae1 Nup98).
著者: Quan, B. / Seo, H.S. / Blobel, G. / Ren, Y.
履歴
登録2014年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export factor
B: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
C: Matrix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0963
ポリマ－66,0963
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.372, 141.372, 78.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 mRNA export factor / Rae1 protein homolog / mRNA-associated protein mrnp 41


分子量: 38093.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAE1, MRNP41 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P78406
#2: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量: 6514.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98, ADAR2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52948
#3: タンパク質 Matrix protein


分子量: 21487.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
株: 85CLB South America / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8B0H7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 11% PEG 10, 000, and 10% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 14247 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 15.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.15→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / SU B: 23.81 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.56 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28889 666 5 %RANDOM
Rwork0.21302 ---
obs0.21671 12717 93.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4471 0 0 0 4471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9356225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9085555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41623.843216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.45115760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.981525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6322804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14734535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4862.51791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8163.51690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 36 -
Rwork0.256 736 -
obs--76.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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