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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ow5
タイトルStructural basis for the enhancement of virulence by entomopoxvirus fusolin and its in vivo crystallization into viral spindles
要素Fusolin
キーワードVIRAL PROTEIN / Chitin-binding / LMPO / fibronectin type III fold
機能・相同性: / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Immunoglobulin E-set / metal ion binding / Fusolin
機能・相同性情報
生物種unidentified entomopoxvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hijnen, M. / Boudes, M. / Aizel, K. / Coulibaly, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the enhancement of virulence by viral spindles and their in vivo crystallization.
著者: Chiu, E. / Hijnen, M. / Bunker, R.D. / Boudes, M. / Rajendran, C. / Aizel, K. / Olieric, V. / Schulze-Briese, C. / Mitsuhashi, W. / Young, V. / Ward, V.K. / Bergoin, M. / Metcalf, P. / Coulibaly, F.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3298
ポリマ－43,8941
非ポリマー4347
水3,549197
1
A: Fusolin
ヘテロ分子

A: Fusolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,65716
ポリマ－87,7882
非ポリマー86914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.270, 71.270, 129.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fusolin


分子量: 43894.156 Da / 分子数: 1 / 断片: Chitin-binding domain / 変異: G25D, H192N, I351N, I352H, Q353T, D354G / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) unidentified entomopoxvirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q83389
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 26

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.57 %
結晶化温度: 301 K / 手法: in vivo crystallization / 詳細: crystals are obtained in vivo

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日 / 詳細: Rh coated meridionally focussing mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.6 Å / Num. obs: 26941 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 20.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BEM

2bem


解像度: 1.9→28.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9423 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9268 / SU R Cruickshank DPI: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 2721 10.2 %RANDOM
Rwork0.1677 ---
obs0.1712 26671 98.52 %-
原子変位パラメータBiso max: 87.46 Å2 / Biso mean: 22.64 Å2 / Biso min: 4.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3703 Å20 Å20 Å2
2---1.3703 Å20 Å2
3---2.7405 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→28.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 70 197 2719
Biso mean--38.89 36.67 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1301SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes737HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4865HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion332SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5681SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4865HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8706HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 296 10.98 %
Rwork0.2247 2401 -
all0.2296 2697 -
obs--98.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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