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- PDB-4oun: Crystal Structure of Mini-ribonuclease 3 from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oun
タイトルCrystal Structure of Mini-ribonuclease 3 from Bacillus subtilis
要素Mini-ribonuclease 3
キーワードHYDROLASE / RNase III domain-like / Ribonuclease / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / rRNA processing / rRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mini-ribonuclease 3 family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mini-ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chojnowski, G. / Czarnecka, J. / Nowak, E. / Pianka, D. / Glow, D. / Sabala, I. / Skowronek, K. / Nowotny, M. / Bujnicki, J.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Sequence-specific cleavage of dsRNA by Mini-III RNase
著者: Glow, D. / Pianka, D. / Sulej, A.A. / Kozlowski, L.P. / Czarnecka, J. / Chojnowski, G. / Skowronek, K.J. / Bujnicki, J.M.
履歴
登録2014年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mini-ribonuclease 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4231
ポリマ－18,4231
非ポリマー00
水64936
1
A: Mini-ribonuclease 3

A: Mini-ribonuclease 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8452
ポリマ－36,8452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2600 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.092, 62.028, 89.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-216-

HOH

21A-222-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mini-ribonuclease 3 / Mini-3 / Mini-RNase 3 / Mini-RNase III / Mini-III


分子量: 18422.740 Da / 分子数: 1 / 変異: E126Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: mrnC, yazC, BSU00950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O31418, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.917152 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月24日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917152 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.7 Å / Num. all: 10956 / Num. obs: 10939 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 36.163 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 17.17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.910.9221.42.0422773174417321.46899.3
1.91-2.040.9593.2820472163816350.88499.8
2.04-2.20.9896.0120736153215310.4799.9
2.2-2.410.99510.0818657139613940.25699.9
2.41-2.70.99914.8416296129512950.153100
2.7-3.110.99924.9115653115011500.093100
3.11-3.810.99938.98121709649640.056100
3.81-5.360.99955.94100867787770.03999.9
5.36-44.69158.1152724614610.04100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å44.69 Å
Translation1.8 Å44.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U61

1u61


解像度: 1.8→44.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.413 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2676 547 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2092 10939 99.84 %-
all-10956 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.64 Å2 / Biso mean: 41.917 Å2 / Biso min: 21.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1009 0 0 36 1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9571378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0425123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58224.11851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35815190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.895156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3873.841498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8165.719619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0464.469529
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 39 -
Rwork0.43 754 -
all-793 -
obs--98.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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