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- PDB-4otc: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE OBSERVED AS AN OCTODECAMER, TRIGONAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4otc
タイトル4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE OBSERVED AS AN OCTODECAMER, TRIGONAL CRYSTAL FORM
要素4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
キーワードISOMERASE / TAUTOMERASE / MICROBIAL BIODEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Whitman, C.P. / Hackert, M.L.
引用
ジャーナル: Thesis / 年: 1998
タイトル: Native and inhibitor complex structures of 4-oxalocrotonate tautomerase from Pseudomonas putida mt-2 (University of Texas at Austin-136 pages)
著者: Taylor, A.B.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of 4-oxalocrotonate tautomerase inactivated by 2-oxo-3-pentynoate at 2.4 A resolution: analysis and implications for the mechanism of inactivation and catalysis
著者: Taylor, A.B. / Czerwinski, R.M. / Johnson Jr., W.H. / Whitman, C.P. / Hackert, M.L.
履歴
登録1998年10月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
B: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
C: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
D: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
E: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
F: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
G: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
H: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
I: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,12627
ポリマ－61,3979
非ポリマー1,72918
水1,08160
1
A: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,08418
ポリマ－40,9316
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
手法PQS
2
B: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
C: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0286
ポリマ－13,6442
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15590 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
3
D: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
E: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0286
ポリマ－13,6442
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15770 Å2
ΔGint-287 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
4
F: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
G: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0286
ポリマ－13,6442
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15710 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
5
H: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
I: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

H: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
I: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

H: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
I: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,08418
ポリマ－40,9316
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area15650 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA, PQS
6
B: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
C: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

B: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
C: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

B: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
C: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,08418
ポリマ－40,9316
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
7
F: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
G: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

F: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
G: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

F: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
G: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,08418
ポリマ－40,9316
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
8
D: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
E: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

D: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
E: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子

D: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
E: 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,08418
ポリマ－40,9316
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.000, 88.000, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999882, 0.013432, -0.007496), (-0.013436, 0.99991, -0.000567), (0.007487, 0.000668, 0.999972)0.5559, 50.82938, -36.62017
2given(0.999307, -0.030735, 0.020986), (-0.031097, -0.999369, 0.017163), (0.020445, -0.017803, -0.999632)-1.36861, 49.59311, 88.15522
3given(0.918094, -0.396051, 0.015724), (0.396202, 0.91813, -0.007888), (-0.011313, 0.013472, 0.999845)-1.00247, 51.30989, 48.98172
4given(0.921005, 0.389206, -0.016351), (0.389131, -0.92115, -0.007692), (-0.018055, 0.000722, -0.999837)1.16117, 51.38737, 173.60204
5given(0.877341, -0.479824, -0.006506), (-0.479815, -0.877365, 0.00302), (-0.007157, 0.000472, -0.999974)0.48691, 50.57769, 126.34159
6given(0.876987, 0.480239, -0.016265), (-0.480139, 0.877137, 0.009846), (0.018995, -0.000825, 0.999819)1.12491, 50.0617, 1.90041
7given(0.875081, -0.483866, -0.010354), (0.483842, 0.875142, -0.004904), (0.011434, -0.000718, 0.999934)0.77616, 0.31906, -38.33271
8given(0.876074, 0.482066, -0.010353), (0.482047, -0.876134, -0.00439), (-0.011187, -0.001145, -0.999937)0.79011, 0.31814, 86.17117

-
要素

#1: タンパク質
4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE / 4-OXALOCROTONATE ISOMERASE


分子量: 6821.838 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: MT-2 / プラスミド: PBAOT1 / 遺伝子 (発現宿主): XYLH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): S606
参照: UniProt: Q01468, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→20 Å / Num. obs: 24989 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.28→2.46 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.114 / % possible all: 79.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OTF

1otf


解像度: 2.28→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2416 9.7 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 24917 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 90 60 4245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 136 8.8 %
Rwork0.282 1402 -
obs--60.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TIP3P.PARAMETERTIP3P.TOPOLOGY
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PARSO4.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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