PDB-4ors: Three-dimensional structure of the C65A mutant of Human lipocalin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ors

タイトル

Three-dimensional structure of the C65A mutant of Human lipocalin-type Prostaglandin D Synthase apo-form

要素

Prostaglandin-H2 D-isomerase

キーワード

ISOMERASE / LIPOCALIN-TYPE PROSTAGLANDIN-D SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin-D synthase / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Perduca, M. / Bovi, M. / Bertinelli, M. / Bertini, E. / Destefanis, L. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Monaco, H.L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: High-resolution structures of mutants of residues that affect access to the ligand-binding cavity of human lipocalin-type prostaglandin D synthase.
著者: Perduca, M. / Bovi, M. / Bertinelli, M. / Bertini, E. / Destefanis, L. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Monaco, H.L.

履歴

登録	2014年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Structure summary
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ors.cif.gz	142.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ors.ent.gz	110.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ors.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ors_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ors_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	4ors_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4ors_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4ors ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4ors	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4orrSC 4oruC 4orwC 4orxC 4oryC 4os0C 4os3C 4os8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4os3-1 4os8-1 4os0-1 4imo-d 4orw-1 4oru-2 1pm1-d 3ped-3 5b2z-d 2acp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin-H2 D-isomerase

B: Prostaglandin-H2 D-isomerase

ヘテロ分子

42.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prostaglandin-H2 D-isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.127, 45.819, 49.151
Angle α, β, γ (deg.)	73.12, 82.82, 64.90
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

A dimer in the asymmetric unit

#1: タンパク質	Prostaglandin-H2 D-isomerase / Beta-trace protein / Cerebrin-28 / Glutathione-independent PGD synthase / Lipocalin-type ...Beta-trace protein / Cerebrin-28 / Glutathione-independent PGD synthase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Prostaglandin-D2 synthase / PGD2 synthase / PGDS / PGDS2 分子量: 21017.717 Da / 分子数: 2 / 変異: C65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGDS, PDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41222, prostaglandin-D synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Na Hepes, 2% PEG 400, 2M Ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月22日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→40.03 Å / Num. all: 64247 / Num. obs: 60070 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / R_merge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4ORR

4orr

解像度: 1.4→22.383 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2799	3063	5.12 %	RANDOM
R_work	0.2498	-	-	-
obs	0.2513	60070	86.06 %	-
all	-	64247	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→22.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2545	0	5	194	2744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2610
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.871	3528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.314	951
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.3185	166	0.2972	3164	X-RAY DIFFRACTION	78
1.4159-1.4326	0.3368	193	0.2879	3431	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4326-1.45	0.2964	199	0.2805	3452	X-RAY DIFFRACTION	85
1.45-1.4684	0.2909	196	0.2845	3388	X-RAY DIFFRACTION	85
1.4684-1.4877	0.3136	182	0.2768	3550	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4877-1.5081	0.3007	177	0.2593	3369	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5081-1.5296	0.3056	197	0.2649	3584	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5296-1.5524	0.3062	172	0.2545	3435	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5524-1.5767	0.2848	180	0.2564	3579	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5767-1.6025	0.2776	174	0.2517	3542	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6025-1.6302	0.2943	197	0.2524	3474	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6302-1.6598	0.2766	229	0.2466	3585	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6598-1.6917	0.2786	156	0.2496	3554	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6917-1.7262	0.276	204	0.2472	3492	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7262-1.7637	0.2761	192	0.2397	3587	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7637-1.8048	0.2717	200	0.2462	3573	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8048-1.8499	0.246	207	0.2389	3567	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8499-1.8999	0.2885	191	0.236	3574	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8999-1.9557	0.2266	186	0.2412	3606	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9557-2.0188	0.2438	184	0.2427	3563	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0188-2.0909	0.2704	206	0.2343	3651	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0909-2.1746	0.2654	181	0.2327	3735	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1746-2.2735	0.2827	198	0.2491	3670	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2735-2.3932	0.2512	221	0.2418	3651	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3932-2.5429	0.2801	210	0.241	3695	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5429-2.739	0.2593	213	0.2512	3679	X-RAY DIFFRACTION	92
2.739-3.014	0.2825	193	0.2506	3714	X-RAY DIFFRACTION	91
3.014-3.4488	0.3145	158	0.2444	3569	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4488-4.3399	0.2839	170	0.246	2999	X-RAY DIFFRACTION	73
4.3399-22.3858	0.3223	126	0.2854	2465	X-RAY DIFFRACTION	61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0762	-0.1479	0.0385	1.1495	0.1771	0.8614	0.0404	-0.1645	0.0676	0.1573	0.0261	-0.0694	-0.0438	0.0316	-0.0399	0.0764	-0.0062	0.0035	0.0709	-0.011	0.0484	-0.0111	-0.0466	1.1244
2	1.1176	-0.0924	0.4867	1.0217	0.0675	1.0139	0.0401	0.0665	-0.0748	-0.1605	0.0033	0.0467	-0.0004	-0.0286	-0.023	0.0704	0.0028	-0.0032	0.0702	0.0015	0.0557	-19.5366	-5.0948	28.4964

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 27:188 OR RESID 201:201 OR RESID 301:392 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:201 )	A	27 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 27:188 OR RESID 201:201 OR RESID 301:392 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:201 )	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 27:188 OR RESID 201:201 OR RESID 301:392 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:201 )	A	301 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 27:188 OR RESID 201:201 OR RESID 301:392 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:201 )	B	201
5	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 27:189 OR RESID 202:302 ) )	B	27 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 27:189 OR RESID 202:302 ) )	B	202 - 302

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)