PDB-4org: Crystal structure of human Fab CAP256-VRC26.04, a potent V1V2-dir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4org

タイトル

Crystal structure of human Fab CAP256-VRC26.04, a potent V1V2-directed HIV-1 neutralizing antibody

要素

CAP256-VRC26.04 heavy chain
CAP256-VRC26.04 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / HIV-1 / V1V2 / CAP256 / VRC26

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.121 Å

データ登録者

Gorman, J. / Doria-Rose, N.A. / Schramm, C.A. / Moore, P.L. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. / Morris, L. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Developmental pathway for potent V1V2-directed HIV-neutralizing antibodies.
著者: Nicole A Doria-Rose / Chaim A Schramm / Jason Gorman / Penny L Moore / Jinal N Bhiman / Brandon J DeKosky / Michael J Ernandes / Ivelin S Georgiev / Helen J Kim / Marie Pancera / Ryan P ...
要旨: Antibodies capable of neutralizing HIV-1 often target variable regions 1 and 2 (V1V2) of the HIV-1 envelope, but the mechanism of their elicitation has been unclear. Here we define the developmental ...

履歴

登録	2014年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4org.cif.gz	938.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4org.ent.gz	799.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4org.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4org_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4org_full_validation.pdf.gz	494.5 KB	表示
XML形式データ	4org_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	4org_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4org ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4org	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5856C 4ocrC 4ocsC 4ocwSC 4od1C 4od3C 4odhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ocw-d 4od1-d 4ro2-d 2308 6e9q-3 3sbg-d 3kye-d 2uud-d 7ags-2 7csp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: CAP256-VRC26.04 light chain

H: CAP256-VRC26.04 heavy chain

B: CAP256-VRC26.04 light chain

A: CAP256-VRC26.04 heavy chain

D: CAP256-VRC26.04 light chain

C: CAP256-VRC26.04 heavy chain

F: CAP256-VRC26.04 light chain

E: CAP256-VRC26.04 heavy chain

204 kDa, 8 ポリマー
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1

L: CAP256-VRC26.04 light chain

H: CAP256-VRC26.04 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: CAP256-VRC26.04 light chain

A: CAP256-VRC26.04 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 2 ポリマー
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3

D: CAP256-VRC26.04 light chain

C: CAP256-VRC26.04 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 2 ポリマー
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4

F: CAP256-VRC26.04 light chain

E: CAP256-VRC26.04 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.023, 85.471, 103.274
Angle α, β, γ (deg.)	97.90, 107.72, 91.67
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	CAP256-VRC26.04 light chain 分子量: 22755.232 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CAP256-VRC26.04 heavy chain 分子量: 28174.617 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 14% PEG3350, 25% isopropanol, 0.1 M Tris, pH 8.0, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.121→97.204 Å / Num. all: 38926 / Num. obs: 36109 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
3.121-3.2	1.8	0.391	1.84	1550	1	79.6
3.2-3.26	1.8	0.38	1.9	1614	1	83.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OCW

4ocw

解像度: 3.121→35.629 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 43.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2886	1808	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2748	-	-	-
obs	0.2755	36066	92.71 %	-
all	-	36066	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.121→35.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13397	0	0	0	13397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.726	18695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.624	4870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	2107
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.121-3.2054	0.4286	96	0.3884	1817	X-RAY DIFFRACTION	64
3.2054-3.2996	0.4062	128	0.3614	2458	X-RAY DIFFRACTION	87
3.2996-3.406	0.3759	139	0.3526	2661	X-RAY DIFFRACTION	92
3.406-3.5277	0.345	151	0.3264	2681	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5277-3.6688	0.3456	144	0.3196	2782	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6688-3.8356	0.3201	138	0.3043	2768	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8356-4.0375	0.3204	156	0.2954	2809	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0375-4.2901	0.3209	143	0.2686	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2901-4.6207	0.2418	149	0.2455	2752	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6207-5.0845	0.2356	143	0.2322	2765	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0845-5.8175	0.2496	146	0.2488	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8175-7.3189	0.2553	149	0.2544	2783	X-RAY DIFFRACTION	98
7.3189-35.6314	0.2102	126	0.2127	2401	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0186	0.0126	0.0064	-0.0005	0.0011	0.0303	0.1202	0.0785	0.0796	-0.0221	0.099	-0.0128	-0.1808	0.0817	-0	0.4831	-0.02	-0.0705	0.5086	0.0192	0.3543	12.7915	-31.4154	-10.6714
2	0.0481	0.0151	0.0126	-0.017	0.0518	-0.0094	-0.0863	0.0474	0.0992	-0.1183	-0.0875	0.0621	-0.0246	-0.039	-0	-0.1706	-0.2301	0.0036	-0.0258	0.1523	0.1268	2.769	-44.859	-34.7613
3	0.0324	-0.0255	0.0087	0.0112	-0.0029	0.0196	0.041	0.2177	0.0905	0.0877	-0.0285	0.0354	-0.1672	-0.1039	-0	0.4608	0.0432	-0.0488	0.2351	-0.0977	0.3783	-8.1032	-24.0975	-3.5649
4	0.0241	-0.0028	0.0065	0.0039	0.003	-0.0089	0.0324	-0.1722	-0.1882	0.0307	-0.1082	-0.0026	0.087	0.0888	0	0.2012	-0.4216	0.0753	0.1448	-0.1884	0.2998	-8.183	-57.8542	-33.6246
5	0.0275	0.0071	0.0059	0.0081	0.0176	0.0242	0.015	0.0511	0.0942	-0.0173	-0.0143	-0.0878	-0.1395	0.0741	0	0.3864	-0.0176	-0.0382	0.2873	-0.0949	0.3558	31.3494	-39.378	38.0137
6	0.0323	0.0285	0.0012	0.0096	0.0358	0.0194	0.0046	-0.0021	0.1183	-0.0955	0.1196	0.0542	-0.0087	0.0277	-0	0.0265	0.2224	0.1483	0.565	-0.205	0.3255	21.2047	-52.5004	13.8046
7	0.0138	0.0086	0.0008	0.0001	0.0006	0.0322	-0.0328	0.1037	-0.0397	0.0832	-0.0407	0.0371	-0.2128	-0.1169	-0	0.3165	0.075	-0.0402	0.4986	-0.0555	0.2963	10.5652	-32.6694	44.2912
8	0.0127	0.0009	0.0094	0.0056	-0.0148	-0.0095	-0.0201	-0.0511	-0.0035	-0.0233	-0.0581	-0.006	0.2283	-0.1059	-0	-0.3629	0.4298	-0.186	0.0741	0.1901	0.1361	10.4767	-65.5184	14.7968
9	0.0337	-0.0045	0.0057	0.0143	0.0157	0.0202	-0.0276	0.0258	-0.0607	-0.0114	0.028	0.0228	0.0633	0.0851	-0	0.5568	-0.1719	0.125	0.418	-0.1163	0.44	-5.3497	6.2218	-14.7783
10	0.0472	0.0079	0.0044	-0.0007	0.0394	0.0083	-0.0508	-0.0217	-0.0402	0.0581	0.0453	0.0257	-0.0339	0.0772	-0	0.1156	-0.0772	0.1559	0.3364	-0.2087	0.3627	-15.3915	17.7075	10.8622
11	0.0312	0.002	0.0204	0.0027	0.0056	0.0197	0.0478	-0.0238	0.0547	0.0045	-0.0641	0.1003	0.0144	-0.1167	-0	0.4139	-0.0794	-0.026	0.3401	-0.1428	0.4128	-25.8885	-3.2839	-19.518
12	0.005	0.0008	0.001	-0.0107	-0.0106	-0.0002	0.0523	0.148	0.0278	-0.099	-0.0104	0.0348	-0.0108	0.0304	-0	-0.5135	-0.3735	0.2898	-0.0631	0.1486	0.2297	-26.1578	30.1847	9.9456
13	0.0292	-0.0151	0.0294	0.0084	0.0022	0.0266	0.025	0.0368	0.0456	-0.0745	0.0534	-0.0271	0.0902	0.0786	-0	0.2931	0.0527	-0.0583	0.2367	0.1107	0.3212	12.92	-1.3406	33.8668
14	0.0414	-0.0201	0.0063	0.0102	0.0158	0.0083	-0.0124	-0.0892	-0.1068	0.1426	0.1524	0.0213	0.0081	-0.075	0	0.1501	0.0357	-0.0044	0.1461	0.2574	0.1276	2.8215	10.2165	59.6768
15	0.0375	0.0181	-0.0007	0.0139	0.0122	-0.0107	-0.0561	-0.0907	-0.1058	0.0119	-0.0865	0.2168	-0.0372	0.0267	0	0.3965	0.0099	0.0892	0.3729	-0.1368	0.4356	-7.5994	-11.1334	29.1049
16	0.0174	-0.012	-0.001	-0.0076	0.0117	0.0145	0.0245	0.1223	0.2502	-0.1807	-0.0267	-0.095	-0.1371	0.0747	0	0.1237	-0.0083	-0.0812	0.3671	-0.0834	0.282	-8.1492	22.5461	58.3491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and ( resid 3 through 109 )	L	3 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and ( resid 110 through 208 )	L	110 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and ( resid 2 through 113 )	H	2 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and ( resid 114 through 213 )	H	114 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and ( resid 3 through 109 )	B	3 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and ( resid 110 through 208 )	B	110 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and ( resid 2 through 113 )	A	2 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and ( resid 114 through 213 )	A	114 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain D and ( resid 3 through 109 )	D	3 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and ( resid 110 through 209 )	D	110 - 209
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and ( resid 2 through 113 )	C	2 - 113
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain C and ( resid 114 through 215 )	C	114 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain F and ( resid 3 through 109 )	F	3 - 109
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain F and ( resid 110 through 210 )	F	110 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain E and ( resid 2 through 113 )	E	2 - 113
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain E and ( resid 114 through 215 )	E	114 - 215

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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