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- PDB-4ord: Crystal Structure of Zebra Fish Thioesterase Superfamily Member 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ord
タイトルCrystal Structure of Zebra Fish Thioesterase Superfamily Member 2
要素Thioesterase Superfamily Member 2
キーワードHYDROLASE / Hotdog / thioesterase / Acyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-coenzyme A thioesterase 13 / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA thioesterase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yu, S.S. / Li, H. / Gao, F. / Xu, H. / Gong, W.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Potential Physiological Role of Zebra Fish Thioesterase Superfamily Member 2 (fTHEM2)
著者: Yu, S.S. / Li, H. / Gao, F. / Wang, Y. / Miao, L.Y. / Zhang, J. / Xu, H. / Gong, W.M.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase Superfamily Member 2
B: Thioesterase Superfamily Member 2
C: Thioesterase Superfamily Member 2
D: Thioesterase Superfamily Member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6114
ポリマ－64,6114
非ポリマー00
水5,603311
1
A: Thioesterase Superfamily Member 2
D: Thioesterase Superfamily Member 2

A: Thioesterase Superfamily Member 2
D: Thioesterase Superfamily Member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6114
ポリマ－64,6114
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
2
B: Thioesterase Superfamily Member 2
C: Thioesterase Superfamily Member 2

B: Thioesterase Superfamily Member 2
C: Thioesterase Superfamily Member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6114
ポリマ－64,6114
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8560 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.064, 74.350, 96.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-251-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Thioesterase Superfamily Member 2 / fTHEM2 / Uncharacterized protein


分子量: 16152.664 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 6-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: acot13 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F6P1Y9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris, 17%(w/v) PEG10000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9716 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 50707 / Num. obs: 50707 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F0X

2f0x


解像度: 1.8→35.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.085 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22505 2569 5.1 %RANDOM
Rwork0.19347 ---
obs0.19516 48094 99.54 %-
all-50707 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 0 311 4427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11.9665666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1925560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.76324.545154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32315796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4191524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4731.52734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94324396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70231468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8144.51264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 180 -
Rwork0.27 3453 -
obs--96.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.591-0.0826-0.04561.3346-0.17671.88850.0559-0.0291-0.00880.0564-0.05860.0280.2519-0.0390.00270.0556-0.0319-0.00380.0477-0.00210.0404-0.4434-9.378111.1718
21.2042-0.2325-0.17111.41270.03512.3411-0.04860.08640.00940.0180.0256-0.1030.09920.27280.0230.0381-0.01110.00040.0543-0.00290.03947.1741-8.285434.6947
32.03410.1574-0.2230.7721-0.09091.3486-0.09390.116-0.1298-0.12640.05570.11980.2554-0.33630.03820.0864-0.0807-0.00790.0927-0.00790.0379-19.1414-15.342741.588
41.43420.40790.14841.77870.29981.39390.0351-0.09270.25340.119-0.078-0.0861-0.23180.1450.04290.0602-0.0449-0.00370.0461-0.01640.08886.14517.9419.102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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