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- PDB-4oqv: High resolution crystal structure of human dihydroorotate dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oqv
タイトルHigh resolution crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase bound with DSM338 (N-[3,5-difluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-5-methyl-2-(trifluoromethyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine)
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha/Beta Barrel / REDOX / DEHYDROGENASE / FMN / mitochondrial membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2V6 / ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Deng, X. / Phillips, M.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Fluorine Modulates Species Selectivity in the Triazolopyrimidine Class of Plasmodium falciparum Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitors.
著者: Deng, X. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / Burrows, J.N. / Kaminsky, W. / Charman, S.A. / Matthews, D. / Rathod, P.K. / Phillips, M.A.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,48810
ポリマ－41,1241
非ポリマー1,3649
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.936, 90.936, 121.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 41123.883 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH, Dihydroorotate Dehydrogenases / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 8種, 367分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-2V6 / N-[3,5-difluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-5-methyl-2-(trifluoromethyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine / DSM-338


分子量: 397.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H7F8N5
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 1.76 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.4, 1.9 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→50 Å / Num. all: 168450 / Num. obs: 168235 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 8270 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.23→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.728 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15741 8445 5 %RANDOM
Rwork0.14137 ---
obs0.14217 159728 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2703 0 90 358 3151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0192932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.022040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4882.0153996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30334959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1545377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89922.992127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05415502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0761530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.0213263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.04134971
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free82.092590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.70955187
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 569 -
Rwork0.232 11058 -
obs--97.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34260.43633.04170.9422.583910.914-0.66860.1950.49010.45750.00870.00480.07530.20490.65990.78810.0052-0.17380.23940.10130.45054.7647-20.7214-7.6303
22.75011.04240.32874.03910.80924.2820.05840.340.3202-0.2319-0.023-0.2064-0.48410.2639-0.03540.0678-0.01620.03440.10980.02930.07859.3485-34.8062-4.2551
323.5306-9.6761-10.201114.90074.18024.82850.09420.63980.66960.3127-0.0742-0.6398-0.290.0268-0.020.3346-0.1515-0.09860.34730.0870.36878.318-18.68657.0839
410.6385.6397-7.283212.1224-4.19585.54690.1781-0.4220.23760.4315-0.2952-0.471-0.50890.43310.11710.2811-0.1047-0.18280.11270.01710.217-1.7492-18.360518.0817
50.9338-0.11390.37650.81220.05181.11440.01810.02090.0214-0.0023-0.0228-0.0746-0.00230.11970.00470.0204-0.00060.01070.05850.01280.04332.2568-39.90576.5774
61.5516-0.4421-0.13882.158-0.21411.8291-0.0311-0.0194-0.024-0.0076-0.0025-0.0020.0681-0.02120.03360.02160.0092-0.00580.06170.00970.00725.071-43.607219.5433
79.65170.81452.53551.1579-0.34412.19610.06150.0443-0.2555-0.06530.02380.13970.0667-0.1283-0.08540.04150.02060.00850.06530.01810.0476-6.6223-47.729728.2211
80.4086-0.17080.1920.2208-0.0340.26330.0037-0.0782-0.03810.0265-0.00320.02990.0201-0.0827-0.00050.02940.00160.00090.04590.00140.0385-13.6191-39.445110.7013
91.6888-0.57750.00712.18580.4371.6360.0242-0.00270.1983-0.04660.0035-0.0737-0.2461-0.0078-0.02770.0439-0.0005-0.0020.0212-0.00040.038-7.5377-24.53618.2874
1013.38720.5307-4.107712.3257-0.05821.6193-0.0756-1.24170.84241.34930.28940.1004-0.18590.1505-0.21380.28520.1882-0.02380.2805-0.09080.1066-21.0128-23.393116.8513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4A75 - 82
5X-RAY DIFFRACTION5A83 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6A153 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7A226 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8A247 - 326
9X-RAY DIFFRACTION9A327 - 391
10X-RAY DIFFRACTION10A392 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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