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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oqn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1 in complex with EdU | ||||||
![]() | Thymidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DNA SYNTHESIS / THYMIDINE KINASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / 5-ETHYNYLURIDINE NUCLEOSIDE DERIVATIVE | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pernot, L. / Neef, A.B. / Westermaier, Y. / Perozzo, R. / Luedtke, N.W. / Scapozza, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1 in complex with EdU 著者: Pernot, L. / Neef, A.B. / Westermaier, Y. / Perozzo, R. / Luedtke, N.W. / Scapozza, L. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Dynamic metabolic labeling of DNA in vivo with arabinosyl nucleosides. 著者: Neef, A.B. / Luedtke, N.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3f0tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35908.266 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-376 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 17 / 遺伝子: TK, TK (UL23), UL23 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.9-1.2M LI2SO4, 1MM DTT, 0.1M HEPES PH 7.5-8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K PH範囲: 7.5-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→39.6 Å / Num. all: 32116 / Num. obs: 32116 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 26.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4592 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3F0T 解像度: 2.3→39.598 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.598 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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