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万見
- PDB-4oq5: Crystal Structure of Human MCL-1 Bound to Inhibitor 4-(4-methylna... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oq5
タイトルCrystal Structure of Human MCL-1 Bound to Inhibitor 4-(4-methylnaphthalen-1-yl)-2-{[(4-phenoxyphenyl)sulfonyl]amino}benzoic acid
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / APOPTOSIS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein transmembrane transporter activity ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein transmembrane transporter activity / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2UU / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Petros, A.M. / Swann, S.L. / Song, D. / Swinger, K. / Park, C. / Zhang, H. / Wendt, M.D. / Kunzer, A.R. / Souers, A.J. / Sun, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Fragment-based discovery of potent inhibitors of the anti-apoptotic MCL-1 protein.
著者: Petros, A.M. / Swann, S.L. / Song, D. / Swinger, K. / Park, C. / Zhang, H. / Wendt, M.D. / Kunzer, A.R. / Souers, A.J. / Sun, C.
履歴
登録2014年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
F: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,10012
ポリマ－111,0436
非ポリマー3,0576
水2,774154
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0172
ポリマ－18,5071
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0172
ポリマ－18,5071
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0172
ポリマ－18,5071
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0172
ポリマ－18,5071
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0172
ポリマ－18,5071
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0172
ポリマ－18,5071
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.112, 109.750, 76.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18507.146 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 174-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物
ChemComp-2UU / 4-(4-methylnaphthalen-1-yl)-2-{[(4-phenoxyphenyl)sulfonyl]amino}benzoic acid


分子量: 509.572 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H23NO5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 30% w/v PEG5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.855→50 Å / Num. obs: 26737 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 73.89 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.855 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.354
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 1340 5.01 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1996 26737 98.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6398 Å20 Å21.3105 Å2
2--2.9896 Å20 Å2
3---2.6501 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.348 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7240 0 222 154 7616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017728HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1710480HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2768SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1264HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7728HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion946SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9646SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.98 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 123 4.73 %
Rwork0.217 2478 -
all0.2187 2601 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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