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- PDB-4opd: Constructing tailored isoprenoid products by structure-guided mod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4opd
タイトルConstructing tailored isoprenoid products by structure-guided modification of geranylgeranyl reductase.
要素Conserved Archaeal protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Archaeal Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く / glycerophospholipid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / phospholipid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Geranylgeranyl reductase family / : / : / Geranylgeranyl reductase catalytic domain / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...: / Geranylgeranyl reductase family / : / : / Geranylgeranyl reductase catalytic domain / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / Digeranylgeranylglycerophospholipid reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者McAndrew, R.P. / Kung, Y. / Xie, X. / Liu, C. / Pereira, J.H. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Constructing tailored isoprenoid products by structure-guided modification of geranylgeranyl reductase.
著者: Kung, Y. / McAndrew, R.P. / Xie, X. / Liu, C.C. / Pereira, J.H. / Adams, P.D. / Keasling, J.D.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved Archaeal protein
B: Conserved Archaeal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,93410
ポリマ－101,6562
非ポリマー4,2788
水14,250791
1
A: Conserved Archaeal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9675
ポリマ－50,8281
非ポリマー2,1394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Conserved Archaeal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9675
ポリマ－50,8281
非ポリマー2,1394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.079, 63.234, 65.102
Angle α, β, γ (deg.)120.98, 89.97, 88.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Conserved Archaeal protein


分子量: 50828.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: Saci_0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4JA33, EC: 1.3.1.83
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物
ChemComp-GRG / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸


分子量: 450.443 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, 0.2 M L-proline, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. all: 78094 / Num. obs: 75985 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.547 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHENIX(phenix.phaser: dev_1525)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1525)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_1525位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→42.101 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1911 1925 2.68 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.146 71762 90.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→42.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7136 0 256 791 8183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06410493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.293029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.86980.31751500.22225262X-RAY DIFFRACTION69
1.8698-1.94460.23781800.1766441X-RAY DIFFRACTION84
1.9446-2.03310.21891870.15456893X-RAY DIFFRACTION89
2.0331-2.14030.19741850.14936952X-RAY DIFFRACTION91
2.1403-2.27440.22221990.14397165X-RAY DIFFRACTION92
2.2744-2.450.20491940.14847257X-RAY DIFFRACTION94
2.45-2.69650.20982030.15417269X-RAY DIFFRACTION95
2.6965-3.08660.18832010.15257446X-RAY DIFFRACTION96
3.0866-3.88830.1792090.13677548X-RAY DIFFRACTION98
3.8883-42.1010.14942170.12797604X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4891-0.01780.91880.22510.16671.0477-0.13-0.02650.3046-0.0767-0.03690.1465-0.1515-0.1120.16350.13780.0327-0.03320.1278-0.020.1903-29.4693-29.451816.747
21.13550.21030.14181.20960.62650.90230.0022-0.0905-0.03640.0004-0.10070.17580.0547-0.1730.0820.0938-0.00310.00140.1278-0.0030.1061-32.8052-47.276419.4683
31.4536-0.32160.25183.2340.21332.0256-0.0643-0.24150.22590.2946-0.10760.1432-0.1474-0.04940.13750.1246-0.0088-0.01260.1784-0.05320.1436-14.9408-26.740634.3742
41.10130.40250.2260.95950.02530.3344-0.03860.01820.1053-0.12030.00920.082-0.0468-0.01430.03240.08640.0145-0.00480.09160.00050.0859-21.6097-39.258413.6977
52.07590.8233-0.2341.84641.16462.33990.04840.21550.3208-0.20130.1381-0.1516-0.25290.1481-0.16970.1520.00930.02190.22340.02370.233.1632-31.097921.3371
64.11311.94052.08122.98651.73242.906-0.04480.3446-0.5156-0.1740.1883-0.44860.13570.4411-0.11060.15360.02310.04170.2182-0.02880.2184-5.1952-47.958210.8908
71.68040.9429-0.3281.1446-0.14360.355-0.12220.2602-0.1913-0.19520.1318-0.2247-0.0090.0588-0.02060.1439-0.0090.04290.153-0.03640.169-35.7237-60.635136.111
82.3822-2.1919-0.72972.1750.91661.0803-0.081-0.25220.14880.17760.2664-0.5969-0.02120.2271-0.17110.1085-0.0092-0.01450.1554-0.02860.2601-23.8379-52.165754.5377
91.09780.71340.1681.34280.15130.6208-0.00310.0499-0.2507-0.02360.055-0.18390.09430.0244-0.04990.09020.00910.01050.09120.00260.1451-44.9728-65.8645.6302
102.86772.02960.16222.4550.34950.5451-0.10180.13690.0715-0.1540.06580.131-0.0983-0.05040.0410.1270.0313-0.01720.12060.01910.1043-53.2204-53.350141.8824
113.57922.070.08983.2189-0.31871.3534-0.20770.61490.1457-0.31870.02170.166-0.042-0.08440.20370.14750.0185-0.00160.29730.02050.3004-70.3178-59.998939.0544
125.01633.20810.6015.39481.07481.73470.0004-0.36940.52030.0471-0.09710.494-0.2045-0.24560.07890.14530.05370.00310.173-0.03090.1966-58.6856-45.503150.2109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:116 )A2 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 117:192 )A117 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 193:254 )A193 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 255:351 )A255 - 351
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 352:408 )A352 - 408
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 409:452 )A409 - 452
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 2:118 )B2 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 119:146 )B119 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 147:313 )B147 - 313
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 314:374 )B314 - 374
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 375:415 )B375 - 415
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 416:452 )B416 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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