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万見
- PDB-4onk: [Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4onk
タイトル[Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL
要素[Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sangwan, S. / Eisenberg, D. / Sawaya, M.R. / Do, T.D. / Bowers, M.T. / Lapointe, N.E. / Teplow, D.B. / Feinstein, S.C.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2014
タイトル: Factors that drive Peptide assembly from native to amyloid structures: experimental and theoretical analysis of [leu-5]-enkephalin mutants.
著者: Do, T.D. / LaPointe, N.E. / Sangwan, S. / Teplow, D.B. / Feinstein, S.C. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. / Bowers, M.T.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL
B: [Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2802
ポリマ－1,2802
非ポリマー00
水543
1
A: [Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL
B: [Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,67712
ポリマ－7,67712
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_755x+2,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_765x+2,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)9.613, 13.827, 14.835
Angle α, β, γ (deg.)90.610, 103.120, 108.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a pair of beta sheets. One sheet is constructed from chains A and B with unit cell translations along the a direction (i.e. X+1,Y,Z; X+2,Y,Z; X+3,Y,Z, etc.). The second sheet is constructed from X,Y+1,Z; X+1,Y+1,Z; X+2,Y+1,Z; etc.).

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要素

#1: タンパク質・ペプチド [Leu-5]-Enkephalin mutant - YVVFL


分子量: 639.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir contained 25% PEG 3350, 0.2M Potassium Thiocyanate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 537 / Num. obs: 537 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Χ2: 3.634 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.40.153501.927190.9
1.97-2.053.30.216545.114198.2
2.05-2.143.90.16513.341100
2.14-2.253.80.195583.0941100
2.25-2.393.70.182602.323193.8
2.39-2.583.90.148462.5091100
2.58-2.843.90.157552.561194.8
2.84-3.253.90.152594.4021100
3.25-4.093.80.147506.223198
4.09-1004.60.123544.655194.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å9.28 Å
Translation1.9 Å9.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIXdev_1457精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ideal beta strand with sequence AVVAA

解像度: 1.9→9.278 Å / FOM work R set: 0.8404 / SU ML: 0.29 / σ(F): 35.13 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 47 9 %RANDOM
Rwork0.1513 ---
all0.1549 522 --
obs0.1549 522 93.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 22.76 Å2 / Biso mean: 14.15 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→9.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数92 0 0 3 95
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.842128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.95228
LS精密化 シェル最高解像度: 1.9003 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 47 -
Rwork0.1513 475 -
all-522 -
obs--94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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