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- PDB-4onh: Crystal Structure of DN6 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4onh
タイトルCrystal Structure of DN6 TCR
要素(T-cell receptor ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig fold / TCR / Antigen recognition / MHC like
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.008 Å
データ登録者Roy, S. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular basis of mycobacterial lipid antigen presentation by CD1c and its recognition by alpha beta T cells.
著者: Roy, S. / Ly, D. / Li, N.S. / Altman, J.D. / Piccirilli, J.A. / Moody, D.B. / Adams, E.J.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: T-cell receptor alpha
A: T-cell receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8609
ポリマ－50,1272
非ポリマー7337
水724
1
B: T-cell receptor alpha
A: T-cell receptor beta
ヘテロ分子

B: T-cell receptor alpha
A: T-cell receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,72018
ポリマ－100,2544
非ポリマー1,46614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area10350 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area41620 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.825, 64.063, 69.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

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要素

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T-cell receptor ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 T-cell receptor alpha


分子量: 27485.672 Da / 分子数: 1 / 変異: S169C, C188A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV,TRAC,TRAB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Insect cells, Hi5 cells / 参照: UniProt: A0A5B9*PLUS
#2: タンパク質 T-cell receptor beta


分子量: 22641.426 Da / 分子数: 1 / 変異: T157C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01848*PLUS

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糖 , 1種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Mes, pH-6.5, 20% PEG 4000, 0.6 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月20日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 11289 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.657 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.052.80.5615221.634193.4
3.05-3.113.10.5135501.489198.4
3.11-3.173.40.4465571.663198.6
3.17-3.233.70.365821.6091100
3.23-3.33.90.3435491.832198.9
3.3-3.3840.3055691.7981100
3.38-3.4640.2415561.907199.5
3.46-3.564.10.2095881.827199.8
3.56-3.6640.1935531.717199.5
3.66-3.784.10.1725621.7171100
3.78-3.9140.1595831.728199.3
3.91-4.0740.1295511.524199.5
4.07-4.2640.1245761.636199.7
4.26-4.483.90.1085631.513199.6
4.48-4.763.90.1095611.377198.1
4.76-5.133.90.15701.324199.3
5.13-5.643.90.0945771.4711100
5.64-6.463.90.1075761.681100
6.46-8.133.90.1025841.65199.8
8.13-503.70.1075601.995192.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.01 Å38.73 Å
Translation3.01 Å38.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.008→24.674 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3165 542 4.81 %
Rwork0.2571 --
obs0.2598 11276 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.008→24.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3170 0 43 4 3217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.924506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0081083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0081-3.31020.44481370.37032595X-RAY DIFFRACTION96
3.3102-3.78770.34611400.3292682X-RAY DIFFRACTION100
3.7877-4.76640.30191350.24532703X-RAY DIFFRACTION99
4.7664-24.67510.28711300.22092754X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90360.3232.03079.54050.71034.78610.12680.45450.61540.1072-0.49430.75120.4311-0.93310.24270.4639-0.16150.22051.0218-0.08350.8392-27.97869.52550.3931
25.81274.96872.14840.70671.7912.64140.5614-0.21120.32620.1523-0.2312-0.50810.4585-0.3166-0.17540.6513-0.04160.14170.6472-0.03010.7254-15.197114.93128.8487
36.0281-0.3201-3.64212.78670.48384.55140.2663-0.37840.8086-0.0692-0.1552-0.0295-0.22850.4432-0.09150.4051-0.0261-0.03490.4326-0.07140.6324-2.040224.16099.9528
46.16516.17745.60546.05323.86695.43911.1403-2.6182-0.79890.6842-1.2023-0.3160.7469-1.2071-0.36540.91310.0977-0.00250.76110.13020.6249-20.5386-5.558422.0047
51.7106-1.14391.40382.0387-1.96273.07831.41272.2118-0.5739-3.8108-2.011-1.21571.99770.5715-0.25481.0157-0.2011-0.24181.3454-0.55250.9083-17.567-6.226212.1899
69.81974.04114.0917.7577-0.13894.46-0.6040.3401-1.35620.45640.6913-0.4911-0.54520.53150.0080.73550.113-0.08280.7232-0.04040.4511-19.5557-6.463617.3559
73.4621.4489-0.85458.45092.9072.3020.1409-0.40720.13350.6098-0.140.1297-0.25730.3023-0.18340.7329-0.0538-0.15681.3149-0.1320.697-0.516319.777727.5994
89.5808-3.5523-5.4175.51413.79773.95390.83942.11360.3399-2.2217-0.8096-0.433-1.1230.0770.2961.0123-0.0442-0.17251.17390.43710.95967.23717.850120.141
97.32876.56050.96016.07112.64959.8783-0.09551.14140.03223.22151.90540.8812-1.3471.8539-1.61451.79990.0383-0.13491.1758-0.04590.5908-1.053828.682428.6305
104.49215.7123-4.48011.9379-4.71954.95481.45573.3658-0.23964.5115-0.57670.4873-0.98122.7582-1.05971.78550.2523-0.35091.76690.17651.16873.885421.985137.8744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 2:83)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 84:136)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 141:244)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 2:35)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 36:53)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 54:105)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 106:158)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 159:169)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 170:187)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 188:200)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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