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- PDB-4on1: Crystal Structure of metalloproteinase-II from Bacteroides fragilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4on1
タイトルCrystal Structure of metalloproteinase-II from Bacteroides fragilis
要素Putative metalloprotease II
キーワードHYDROLASE / pathogenicity island / human pathogen / fragilysin / metalloproteinases / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #470 / Fragilysin / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) ...Lipocalin - #470 / Fragilysin / Fragilysin, N-terminal / Fragilysin, N-terminal domain superfamily / N-terminal domain of fragilysin / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fragilysin family metalloproteinase MP-II
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Aleshin, A.E. / Liddington, R.C. / Shiryaev, S.A. / Strongin, A.Y.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional diversity of metalloproteinases encoded by the Bacteroides fragilis pathogenicity island.
著者: Shiryaev, S.A. / Aleshin, A.E. / Muranaka, N. / Kukreja, M. / Routenberg, D.A. / Remacle, A.G. / Liddington, R.C. / Cieplak, P. / Kozlov, I.A. / Strongin, A.Y.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative metalloprotease II
B: Putative metalloprotease II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0655
ポリマ－84,8422
非ポリマー2233
水7,728429
1
A: Putative metalloprotease II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4872
ポリマ－42,4211
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative metalloprotease II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5793
ポリマ－42,4211
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.424, 114.395, 140.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative metalloprotease II


分子量: 42421.246 Da / 分子数: 2 / 変異: E352A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68424
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Well solution: 20% PEG3330, 0.2M MgCl2 Crystallization drop: 50% of 25 mM HEPES buffer, 100 mM NaCl, 4 mM CaCl2 and 50% of the well solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 41324 / Num. obs: 41324 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→44.319 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2004 2064 5 %random
Rwork0.1591 ---
obs0.1612 41241 99.75 %-
all-41324 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→44.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 8 429 5735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9167330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3291979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004937
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1225-2.17190.22671290.18982452X-RAY DIFFRACTION97
2.1719-2.22620.23221370.17362619X-RAY DIFFRACTION100
2.2262-2.28640.2391350.16652537X-RAY DIFFRACTION100
2.2864-2.35360.23541360.17042592X-RAY DIFFRACTION100
2.3536-2.42960.24651350.16922566X-RAY DIFFRACTION100
2.4296-2.51640.22251370.15892591X-RAY DIFFRACTION100
2.5164-2.61720.21961380.16562625X-RAY DIFFRACTION100
2.6172-2.73630.21281360.15822569X-RAY DIFFRACTION100
2.7363-2.88050.21431360.16562599X-RAY DIFFRACTION100
2.8805-3.06090.18741390.16672606X-RAY DIFFRACTION100
3.0609-3.29720.23251370.16342615X-RAY DIFFRACTION100
3.2972-3.62890.20071400.14822638X-RAY DIFFRACTION100
3.6289-4.15360.16311380.14012657X-RAY DIFFRACTION100
4.1536-5.23180.15881420.13942683X-RAY DIFFRACTION100
5.2318-44.32830.19791490.17792828X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22530.1819-0.11512.46410.41141.2401-0.0468-0.0552-0.16320.13030.0065-0.12920.17490.12820.00850.13940.0220.00490.10860.01430.113752.5654108.925136.7601
21.16260.2466-0.5321.9483-0.86722.32630.0423-0.10540.00290.1376-0.0574-0.0594-0.1180.1754-0.00070.0803-0.02020.00140.1-0.00940.106847.0284126.7506146.0309
30.67210.06120.06462.15251.23552.22130.0173-0.0229-0.0707-0.0523-0.06470.13680.0417-0.21290.03560.1592-0.01040.00840.17760.00520.20630.450689.7919163.6165
41.38920.1241-0.35711.7471-0.79832.42530.0273-0.023-0.0440.09860.00550.0657-0.0716-0.0386-0.02140.0928-0.0110.0110.1226-0.01740.082835.7219104.435177.3813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 396 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 32 through 217 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 218 through 396 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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