PDB-4om8: Crystal structure of 5-formly-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carbox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4om8

タイトル

Crystal structure of 5-formly-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid (FHMPC) 5-dehydrogenase, an NAD+ dependent dismutase.

要素

5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Dismutase / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Rossmann fold / NAD-Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid 5-dehydrogenase / vitamin B6 catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium japonicum MAFF 303099 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Mugo, A.N. / Kobayashi, J. / Mikami, B. / Yagi, T. / Ohnishi, K.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid 5-dehydrogenase, an NAD(+)-dependent dismutase from Mesorhizobium loti
著者: Mugo, A.N. / Kobayashi, J. / Mikami, B. / Yoshikane, Y. / Yagi, T. / Ohnishi, K.

履歴

登録	2014年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Other
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2024年12月25日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_ref.db_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4om8.cif.gz	151.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4om8.ent.gz	117.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4om8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4om8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4om8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4om8_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	4om8_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4om8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4om8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fimS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wl2-4 3f3s-d 3u9e-d 3a5y-1 4wl2-3 5wni-2 4wl2-2 3vgb-d 3wjq-1 4s1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (9) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

B: 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.805, 44.212, 109.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-644- HOH

#1: タンパク質	5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase / FHMPC dehydrogenase 分子量: 33171.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mesorhizobium japonicum MAFF 303099 (根粒菌) 株: MAFF303099 / 遺伝子: fhmpcd1, mlr6793 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q988C8, 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid 5-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M NH4-acetate, 0.1M Na-acetate pH 5.0, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: Saturn A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日
放射	モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 75976 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.495→1.534 Å / 冗長度: 1.6 % / Num. unique all: 10794 / % possible all: 87.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FIM

1fim

解像度: 1.55→27.336 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.311 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1878	3821	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1551	-	-	-
obs	0.1567	75969	98.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.16 Å² / B_iso mean: 15.1 Å² / B_iso min: 6.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	-0.08 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.1 Å²	0.53 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.336 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4634	0	114	678	5426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.173	6953
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4	1983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	887

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.55-1.5697	0.2374	130	0.1784	2534	95
1.5697-1.5904	0.2267	155	0.1804	2636	98
1.5904-1.6121	0.2424	113	0.1841	2609	97
1.6121-1.6352	0.2283	139	0.1799	2661	98
1.6352-1.6596	0.2044	147	0.1805	2574	98
1.6596-1.6855	0.2202	138	0.1774	2626	98
1.6855-1.7131	0.2447	136	0.1694	2656	98
1.7131-1.7427	0.2405	132	0.174	2615	98
1.7427-1.7744	0.2052	137	0.1672	2677	98
1.7744-1.8085	0.2113	137	0.1621	2669	99
1.8085-1.8454	0.2091	159	0.164	2599	99
1.8454-1.8855	0.2063	146	0.1645	2647	99
1.8855-1.9294	0.2012	135	0.1612	2699	99
1.9294-1.9776	0.1744	145	0.1655	2673	100
1.9776-2.031	0.1952	149	0.1612	2653	100
2.031-2.0908	0.1931	148	0.1548	2691	100
2.0908-2.1582	0.198	161	0.1571	2678	100
2.1582-2.2353	0.1899	136	0.1539	2689	100
2.2353-2.3248	0.186	149	0.1563	2729	100
2.3248-2.4305	0.1828	142	0.1541	2676	100
2.4305-2.5586	0.185	145	0.1556	2697	100
2.5586-2.7188	0.2015	123	0.1636	2715	100
2.7188-2.9285	0.2371	132	0.1627	2739	100
2.9285-3.2228	0.1914	148	0.164	2703	100
3.2228-3.6881	0.1518	142	0.1427	2742	100
3.6881-4.6429	0.1473	127	0.1285	2765	100
4.6429-27.34	0.159	170	0.1372	2796	99

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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