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万見
- PDB-4okf: RNase S in complex with an artificial peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4okf
タイトルRNase S in complex with an artificial peptide
要素(Ribonuclease pancreatic) x 2
キーワードHYDROLASE / S-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Genz, M. / Strater, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of a RNase S variant in complex with an artificial peptide
著者: Gao, J. / Genz, M. / Hofman, F. / Hiller, S. / Strater, N. / Seebeck, F.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn ...citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,90616
ポリマ－13,2892
非ポリマー61814
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area6610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.8, 43.8, 96.7
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

HOH

21B-403-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 1732.890 Da / 分子数: 1 / 断片: S-peptide: unp residues 27-41 / 変異: A6(DHA), M13(NLE) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 11555.981 Da / 分子数: 1 / 断片: S-protein: unp residues 47-150 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 0.1 M sodium citrate, 2.4 M ammoniumsulfate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月16日
放射モノクロメーター: Montel mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→24.6 Å / Num. obs: 16225 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 30.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 2RNS

2rns


解像度: 1.54→24.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20955 174 1.1 %RANDOM
Rwork0.17103 ---
obs0.17148 16225 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.29 Å2-0 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→24.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 22 139 1066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.019993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.9491359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.963.0082119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71625.41748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47615173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.213154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02237
LS精密化 シェル解像度: 1.541→1.581 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 16 -
Rwork0.244 1074 -
obs--91.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.60072.11450.79364.2910.97112.24450.0189-0.10840.0570.0434-0.0723-0.1245-0.14320.01720.05340.06990.0356-0.02360.0308-0.00590.051-14.8623-2.323613.9378
20.6081-0.3789-0.0940.8998-0.2191.1616-0.02940.00010.00640.01710.03950.0086-0.01340.0395-0.01010.04050.027-0.01050.0262-0.0110.0414-13.0937-8.82426.5882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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