[日本語] English
万見
- PDB-4oid: Structural and kinetic bases for the metal preference of the M18 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oid
タイトルStructural and kinetic bases for the metal preference of the M18 aminopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable M18 family aminopeptidase 2
キーワードHYDROLASE / Dodecameric TET structure / Aspartyl aminopeptidase / Pseudomonas aeruginosa / Aspartic mutation / M18 family
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
M18 family aminopeptidase 2, putative / Aminopeptidase i, Domain 2 / Aminopeptidase i, Domain 2 / Peptidase M18 / Peptidase M18, domain 2 / Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) / Zn peptidases / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich ...M18 family aminopeptidase 2, putative / Aminopeptidase i, Domain 2 / Aminopeptidase i, Domain 2 / Peptidase M18 / Peptidase M18, domain 2 / Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) / Zn peptidases / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable M18 family aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nguyen, D.D. / Pandian, R. / Kim, D.D. / Ha, S.C. / Yoon, H.J. / Kim, K.S. / Yun, K.H. / Kim, J.H. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural and kinetic bases for the metal preference of the M18 aminopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Nguyen, D.D. / Pandian, R. / Kim, D. / Ha, S.C. / Yoon, H.J. / Kim, K.S. / Yun, K.H. / Kim, J.H. / Kim, K.K.
履歴
登録2014年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32014年9月17日Group: Database references
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2
C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,6784
ポリマ－186,6784
非ポリマー00
水11,151619
1
A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2

A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2

A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2

C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2

C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2

C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)560,03312
ポリマ－560,03312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation7_544x+1/3,y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation8_654-y+4/3,x-y+2/3,z-1/31
crystal symmetry operation9_554-x+y+1/3,-x+2/3,z-1/31
Buried area80220 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area152180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.606, 133.606, 320.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Probable M18 family aminopeptidase 2


分子量: 46669.410 Da / 分子数: 4 / 変異: D236A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cytosolic proteins
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: apeB, PA 3247, PA3247 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: Q9HYZ3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 295 K / pH: 8
詳細: 30% PEG400, 0.1M Tris, 0.2M MgCl2, 0.1mM ZnCl2 , pH 8.0, Microbatch Crystallization, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.999999999
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
放射モノクロメーター: VARIABLE-INCLUDED-ANGLE PLANE- GRATING MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 94682 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NJQ

4njq


解像度: 2.3→31.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.707 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20684 4678 5 %RANDOM
Rwork0.15718 ---
obs0.15969 88578 98.49 %-
all-4678 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.031 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12609 0 0 619 13228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01912868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0111.95417463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.105321028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.02151615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51423.106644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.947152022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.58615132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.21942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02114637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 341 -
Rwork0.177 6541 -
obs--99.16 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る