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- PDB-4oh1: Crystal structure of a putative zinc-binding dehydrogenase (gutB)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oh1
タイトルCrystal structure of a putative zinc-binding dehydrogenase (gutB) from Clostridium scindens ATCC 35704 at 2.00 A resolution
要素L-iditol 2-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain (PF08240) / zinc-binding dehydrogenase (PF00107) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium scindens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative zinc-binding dehydrogenase (gutB) from Clostridium scindens ATCC 35704 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-iditol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1247
ポリマ－39,6661
非ポリマー4586
水3,477193
1
A: L-iditol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-iditol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-iditol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-iditol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,49828
ポリマ－158,6664
非ポリマー1,83224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area51580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.870, 85.597, 149.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-iditol 2-dehydrogenase / putative zinc-binding dehydrogenase


分子量: 39666.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium scindens (バクテリア)
株: ATCC 35704 / 遺伝子: CLOSCI_00901, gutB, ZP_02430688 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: B0NC68, L-iditol 2-dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 0.2M magnesium chloride, 24.0% polyethylene glycol 400, 0.1M HEPES pH 6.75, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97939,0.96109,0.97919
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
20.961091
30.979191
反射解像度: 2→29.355 Å / Num. obs: 27920 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.548 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.070.6091.410148480392.5
2.07-2.150.4851.911008514598.7
2.15-2.250.342.611701544198.7
2.25-2.370.2423.611572538198.6
2.37-2.520.1934.411546533799.2
2.52-2.710.1186.811289521298.4
2.71-2.990.0799.811770543098.6
2.99-3.420.04515.811317521598
3.42-4.30.02924.411332520797.8
4.30.02330.511496526597.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.355 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.457 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. PEG 400 FRAGMENTS, CHLORIDE (CL) IONS, AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) MODELED WERE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS SUPPORT THE MODELING OF ZINC IONS. 7. RESIDUE CYSTEINE AT POSITION 45 (CYS45) IS LIKELY PARTIALLY OXIDIZED (OCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 1403 5 %RANDOM
Rwork0.1682 ---
obs0.1705 27918 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.79 Å2 / Biso mean: 49.1123 Å2 / Biso min: 25.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å20 Å2
2--4.29 Å20 Å2
3----2.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 0 21 193 2907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.9753731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82436150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3945352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58824.737114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10715496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7353.7491405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7363.7491404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0095.611755
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 84 -
Rwork0.311 1911 -
all-1995 -
obs--98.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.0269 Å / Origin y: 15.6853 Å / Origin z: 15.0914 Å
111213212223313233
T0.051 Å20.0259 Å20.0346 Å2-0.043 Å20.006 Å2--0.0295 Å2
L0.51 °2-0.1385 °20.0693 °2-0.8041 °20.3299 °2--1.3296 °2
S-0.0408 Å °-0.0647 Å °-0.0079 Å °0.1697 Å °0.0163 Å °0.1471 Å °-0.0514 Å °-0.1994 Å °0.0245 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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