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- PDB-4oeg: Crystal Structure Analysis of FGF2-Disaccharide (S9I2) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oeg
タイトルCrystal Structure Analysis of FGF2-Disaccharide (S9I2) complex
要素Fibroblast growth factor 2
キーワードPROTEIN BINDING / Heparin/Heparin Sulfate Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chemokine binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / cerebellar granule cell precursor proliferation / Formation of the nephric duct / positive regulation of epithelial tube formation / receptor-receptor interaction / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / inner ear auditory receptor cell differentiation / hyaluronan catabolic process / negative regulation of wound healing / positive regulation of stem cell differentiation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / histone H3K9me2/3 reader activity / glial cell differentiation / stem cell development / embryonic morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / behavioral response to ethanol / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland epithelial cell differentiation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / paracrine signaling / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / positive regulation of blood vessel branching / negative regulation of fibroblast migration / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / endothelial cell proliferation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / Syndecan interactions / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of neuroblast proliferation / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / PI3K Cascade / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / response to axon injury / regulation of angiogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / negative regulation of stem cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / neurogenesis
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Li, Y.C. / Hsiao, C.D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Interactions that influence the binding of synthetic heparan sulfate based disaccharides to fibroblast growth factor-2.
著者: Li, Y.C. / Ho, I.H. / Ku, C.C. / Zhong, Y.Q. / Hu, Y.P. / Chen, Z.G. / Chen, C.Y. / Lin, W.C. / Zulueta, M.M. / Hung, S.C. / Lin, M.G. / Wang, C.C. / Hsiao, C.D.
履歴
登録2014年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9392
ポリマ－17,2501
非ポリマー6901
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.422, 32.994, 35.607
Angle α, β, γ (deg.)65.53, 71.79, 77.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 2 / FGF-2 / Basic fibroblast growth factor / bFGF / Heparin-binding growth factor 2 / HBGF-2


分子量: 17249.732 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 134-288 / 変異: C69S, C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF2, FGFB / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIPL) / 参照: UniProt: P09038
#2: 多糖 2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1-O-methyl-2-O-sulfo-alpha-L- ...2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1-O-methyl-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 689.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2121A-1a_1-5_1*OC_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO33SO36SO3]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.91 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 40% polyethylene glycol 600 and 100 mM Na2HPO4/citric acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 15020 / Num. obs: 15020 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 46.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 19.1 / Rsym value: 0.072 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BFC

1bfc


解像度: 1.6→19.641 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1501 10 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.1753 15010 94.87 %-
all-15020 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 41 104 1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1111437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.178422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5963-1.64780.22141310.16221179X-RAY DIFFRACTION91
1.6478-1.70670.20321350.16441213X-RAY DIFFRACTION94
1.7067-1.7750.22281370.16951239X-RAY DIFFRACTION95
1.775-1.85570.2161360.16911230X-RAY DIFFRACTION95
1.8557-1.95340.2281360.17241216X-RAY DIFFRACTION95
1.9534-2.07570.21061390.1671255X-RAY DIFFRACTION96
2.0757-2.23580.22611380.17911232X-RAY DIFFRACTION97
2.2358-2.46040.21341380.17331248X-RAY DIFFRACTION97
2.4604-2.81550.26221400.19211264X-RAY DIFFRACTION97
2.8155-3.54380.21381390.1721243X-RAY DIFFRACTION96
3.5438-19.64240.18731320.15981190X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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