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万見
- PDB-4od0: Crystal structure of human soluble epoxide hydrolase complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4od0
タイトルCrystal structure of human soluble epoxide hydrolase complexed with 1-(1-propanoylpiperidin-4-yl)-3-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]urea
要素Bifunctional epoxide hydrolase 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / domain-swapped dimer / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / dephosphorylation / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / regulation of cell growth / response to toxic substance / peroxisome / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily ...Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / DNA polymerase; domain 1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2RV / PHOSPHATE ION / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Lee, K.S.S. / Liu, J. / Wagner, K.M. / Pakhomova, S. / Dong, H. / Morisseau, C. / Fu, S.H. / Yang, J. / Wang, P. / Ulu, A. ...Lee, K.S.S. / Liu, J. / Wagner, K.M. / Pakhomova, S. / Dong, H. / Morisseau, C. / Fu, S.H. / Yang, J. / Wang, P. / Ulu, A. / Mate, C. / Nguyen, L. / Wullf, H. / Eldin, M.L. / Mara, A.A. / Newcomer, M.E. / Zeldin, D.C. / Hammock, B.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Optimized inhibitors of soluble epoxide hydrolase improve in vitro target residence time and in vivo efficacy.
著者: Lee, K.S. / Liu, J.Y. / Wagner, K.M. / Pakhomova, S. / Dong, H. / Morisseau, C. / Fu, S.H. / Yang, J. / Wang, P. / Ulu, A. / Mate, C.A. / Nguyen, L.V. / Hwang, S.H. / Edin, M.L. / Mara, A.A. ...著者: Lee, K.S. / Liu, J.Y. / Wagner, K.M. / Pakhomova, S. / Dong, H. / Morisseau, C. / Fu, S.H. / Yang, J. / Wang, P. / Ulu, A. / Mate, C.A. / Nguyen, L.V. / Hwang, S.H. / Edin, M.L. / Mara, A.A. / Wulff, H. / Newcomer, M.E. / Zeldin, D.C. / Hammock, B.D.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1644
ポリマ－62,6861
非ポリマー4793
水28816
1
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,3288
ポリマ－125,3712
非ポリマー9576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4930 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area43340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.136, 92.136, 243.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional epoxide hydrolase 2 / Cytosolic epoxide hydrolase 2 / CEH / Epoxide hydratase / Soluble epoxide hydrolase / SEH / Lipid- ...Cytosolic epoxide hydrolase 2 / CEH / Epoxide hydratase / Soluble epoxide hydrolase / SEH / Lipid-phosphate phosphatase


分子量: 62685.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / プラスミド: ACHSEH1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-2RV / 1-(1-propanoylpiperidin-4-yl)-3-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]urea


分子量: 359.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20F3N3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG3350, 0-10% sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38079 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→40 Å / Num. all: 14096 / Num. obs: 14096 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 82.1 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.92→3.02 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1360 / Rsym value: 0.745 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S8O

1s8o


解像度: 2.92→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 36.763 / SU ML: 0.322 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25202 697 5 %RANDOM
Rwork0.19321 ---
all0.19617 13334 --
obs0.19617 13334 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.02 Å21.51 Å20 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----4.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 0 31 16 4375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9786049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9137535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5815546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29824.167192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.59215783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1181526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 40 -
Rwork0.355 823 -
obs-823 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.8666-5.1751-4.07210.57753.46458.23720.9759-0.04540.9238-0.8484-0.449-0.7059-0.6335-0.2291-0.5270.2108-0.09580.020.25510.08250.134520.36949.507-11.195
213.0367-2.99694.93421.0234-1.78353.526-0.12380.70550.4724-0.05730.07730.0331-0.218-0.29690.04650.3603-0.0274-0.08060.27080.02190.266915.63670.026-5.722
30.46340.3379-0.1011.3254-0.73871.5022-0.05720.13490.115-0.13540.10790.0199-0.00290.0122-0.05060.0218-0.0119-0.01470.1026-0.04030.117520.77938.6965.628
42.2953-0.6634-0.56841.1972-0.03291.5138-0.07730.0938-0.2687-0.04040.00440.13660.3598-0.11510.07280.1126-0.0371-0.02290.0601-0.04450.128715.93513.52814.326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3A76 - 368
4X-RAY DIFFRACTION4A369 - 547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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