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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oao | ||||||
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タイトル | A mutant of Axe2 (R55A), and acetyl-xylooligosaccharide esterase from Geobacillus Stearmophilus | ||||||
要素 | Acetyl xylan esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SGNH fold / Acetyl-xylooligosaccharide esterase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アセチルキシランエステラーゼ / acetylxylan esterase activity / lysophospholipase activity / xylan catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Lansky, S. / Alalouf, O. / Solomon, H.V. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A mutant of Axe2 (R55A), and acetyl-xylooligosaccharide esterase from Geobacillus Stearmophilus 著者: Lansky, S. / Alalouf, O. / Solomon, H.V. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4oao.cif.gz | 108.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4oao.ent.gz | 84.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4oao.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/4oao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/4oao | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3w7vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24714.410 Da / 分子数: 2 / 変異: R55A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: axe2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09LX1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1.2M potassium sodium tartrate, 0.1M imidazole buffer, pH 7.8, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→38 Å / Num. all: 39198 / Num. obs: 39198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.118 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3W7V 解像度: 2.05→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.699 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.766 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→38 Å
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拘束条件 |
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