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- PDB-4o8p: Crystal structure of SthAraf62A, a GH62 family alpha-L-arabinofur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8p
タイトルCrystal structure of SthAraf62A, a GH62 family alpha-L-arabinofuranosidase from Streptomyces thermoviolaceus, bound to xylotetraose
要素Alpha-L-arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE / 5-fold beta-propeller / glycosyl hydrolase family 62 / GH62 / alpha-L-arabinofuranosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / xylan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 62, arabinosidase / Glycosyl hydrolase family 62 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PE3 / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces thermoviolaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.557 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wang, W. / Xu, X. / Cui, H. / Master, E. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Elucidation of the molecular basis for arabinoxylan-debranching activity of a thermostable family GH62 alpha-l-arabinofuranosidase from Streptomyces thermoviolaceus.
著者: Wang, W. / Mai-Gisondi, G. / Stogios, P.J. / Kaur, A. / Xu, X. / Cui, H. / Turunen, O. / Savchenko, A. / Master, E.R.
履歴
登録2013年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9926
ポリマ－42,0971
非ポリマー1,8955
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.491, 64.637, 121.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Alpha-L-arabinofuranosidase


分子量: 42096.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces thermoviolaceus (バクテリア)
遺伝子: stxIV / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76BV4
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 477分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14 mg/mL SthAraf62A, 0.2 M sodium formate and 20% PEG 3350, 5 mg/mL xylotetraose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.557→25 Å / Num. obs: 48425 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 21.77
反射 シェル解像度: 1.557→1.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1538)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.557→23.682 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1527 2000 4.13 %random
Rwork0.1303 ---
obs0.1313 48371 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.557→23.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 67 473 2894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8083561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2331009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.557-1.5960.19921340.17233101X-RAY DIFFRACTION94
1.596-1.63910.17891420.16633301X-RAY DIFFRACTION100
1.6391-1.68730.21611420.15423280X-RAY DIFFRACTION100
1.6873-1.74180.17741410.15353267X-RAY DIFFRACTION100
1.7418-1.8040.20731420.14373312X-RAY DIFFRACTION100
1.804-1.87620.15571420.14413280X-RAY DIFFRACTION100
1.8762-1.96160.18111430.12893301X-RAY DIFFRACTION100
1.9616-2.06490.11811420.12463322X-RAY DIFFRACTION100
2.0649-2.19420.1481430.12333313X-RAY DIFFRACTION100
2.1942-2.36350.15551450.12343351X-RAY DIFFRACTION100
2.3635-2.60110.14431440.12563331X-RAY DIFFRACTION100
2.6011-2.97680.15211450.13373374X-RAY DIFFRACTION100
2.9768-3.74810.13311450.11723347X-RAY DIFFRACTION99
3.7481-23.68430.1371500.12133491X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9333-2.91130.83855.2462-1.8724.5642-0.2656-0.26850.09520.46790.2275-0.28440.08550.2591-0.00530.132-0.0032-0.03930.1179-0.01310.079345.620722.5412157.5593
23.37670.21020.55932.19450.21511.99110.01110.13290.0805-0.1431-0.00720.0009-0.1688-0.01730.00070.10160.00490.00580.06360.00670.031138.085731.5078134.6343
30.5295-0.0947-0.22150.5914-0.01230.9736-0.0083-0.0046-0.0208-0.02250.00150.00770.06040.00870.00870.0743-0.0071-0.00940.0713-0.00340.052443.072616.5116139.8856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 61:74)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 75:129)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 130:363)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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