PDB-4o8l: Structure of sortase A from Streptococcus pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o8l

タイトル

Structure of sortase A from Streptococcus pneumoniae

要素

(Sortase) x 2

キーワード

HYDROLASE / 8-stranded beta barrel / sortase-fold / cysteine transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Misra, A. / Biswas, T. / Das, S. / Marathe, U. / Roy, R.P. / Ramakumar, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of sortase A from Streptococcus pneumoniae
著者: Misra, A. / Biswas, T. / Das, S. / Marathe, U. / Roy, R.P. / Ramakumar, S.

履歴

登録	2013年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o8l.cif.gz	272.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o8l.ent.gz	230.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o8l_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o8l_full_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示
XML形式データ	4o8l_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	4o8l_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o8t
類似構造データ	6xwg-d 4o8t-3 5id2-2 4ygz-2 4o8t-1 4in2-2 4ja1-d 4yh0-2 5fk0-3 4dut-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sortase

B: Sortase

C: Sortase

D: Sortase

84.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sortase

B: Sortase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sortase

D: Sortase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.940, 103.450, 74.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.650, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a dimer. There are 2 such biological units (dimers) present in the asymmetric unit (One dimer is formed by chains A & B and the other by chains C & D).

#1: タンパク質	Sortase 分子量: 21109.846 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 82-247 / 変異: T176A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: sortase A, spr1098, srtA / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DPM3, sortase A
#2: タンパク質	Sortase 分子量: 21125.846 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 82-247 / 変異: T176A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: sortase A, spr1098, srtA / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DPM3, sortase A
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.55 % / Mosaicity: 1.52 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 7 詳細: 0.2 M tri-ammonium citrate, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, 40% (v/v) 1,3-Butanediol, Microbatch, Under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月8日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→67.492 Å / Num. all: 25168 / Num. obs: 25168 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.7-2.85	7.4	0.529	1.5	26715	3621	0.206	0.529	3.8	98.6
2.85-3.02	7.5	0.368	2.1	25840	3468	0.142	0.368	5.3	98.8
3.02-3.23	7.5	0.222	3.5	24210	3225	0.086	0.222	8.3	99
3.23-3.49	7.4	0.151	4.2	22594	3039	0.059	0.151	11.6	99.3
3.49-3.82	7.5	0.096	7.2	20874	2801	0.038	0.096	16.9	99.5
3.82-4.27	7.5	0.075	7.8	19137	2559	0.029	0.075	20	99.7
4.27-4.93	7.5	0.06	10.1	16786	2231	0.024	0.06	24.8	99.7
4.93-6.04	7.5	0.066	9.1	14436	1915	0.026	0.066	24.1	99.9
6.04-8.54	7.5	0.056	9.5	11162	1497	0.022	0.056	26.5	100
8.54-31.841	7.3	0.052	9.5	5905	812	0.021	0.052	31.3	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→30.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.2245 / WR_factor R_work: 0.1727 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8449 / SU B: 23.863 / SU ML: 0.228 / SU R Cruickshank DPI: 0.6869 / SU R_free: 0.3028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.687 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. Oxidized CYS (CSO) was modeled in place of CYS 207 in Chain B.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2339	1273	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.1836	25152	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.45 Å² / B_iso mean: 62.0619 Å² / B_iso min: 22.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.69 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5212	0	0	54	5266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.162	1.968	7205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	3	11556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.841	5	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.194	25.675	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.85	15	926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.857	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1153

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	109	-
R_work	0.3	1725	-
all	-	1834	-
obs	-	-	98.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6401	-1.1375	-0.6369	5.5668	-0.037	3.5185	0.1151	0.1468	-0.4567	-0.1549	-0.1119	0.2398	-0.0046	0.267	-0.0032	0.0086	-0.0012	-0.0372	0.1764	-0.0411	0.2838	-4.0107	1.2262	15.1816
2	2.9565	0.8449	-0.5113	5.8897	-0.8286	4.092	-0.1075	0.1886	0.3004	0.1792	-0.0406	0.4395	-0.6175	-0.1208	0.1481	0.1927	0.0261	-0.0951	0.1696	-0.0393	0.3405	-7.5055	36.2208	14.52
3	4.4475	-0.4228	-0.0697	8.1657	-0.3738	4.732	0.035	0.4229	-0.0145	-0.2511	-0.0587	0.5741	-0.3247	-0.0114	0.0237	0.1734	0.0178	-0.1032	0.1033	0.0173	0.3114	-6.44	33.0091	12.9857
4	4.8934	-0.5564	-0.1736	4.1877	0.1183	3.1331	-0.0769	-0.0293	-0.6161	-0.0445	0.0512	0.4422	0.3653	-0.0401	0.0257	0.1049	-0.0397	-0.0111	0.2735	-0.0002	0.5219	-6.7451	-1.4594	17.2852
5	8.2451	0.2278	-0.2186	4.5341	-0.0986	3.129	0.1339	0.1168	0.4415	-0.0369	-0.1643	-0.1496	-0.0155	-0.3359	0.0304	0.0738	0.0321	0.0183	0.3566	0.0115	0.413	-40.4066	9.0696	22.2779
6	5.6101	-0.0679	3.1725	7.1222	-0.1816	5.5797	0.2832	0.394	-0.2554	-0.3074	-0.2354	-0.0592	0.6096	0.1398	-0.0478	0.3148	0.0708	-0.0104	0.2238	-0.0197	0.1957	-38.0449	-25.444	26.333
7	4.5766	-2.1591	2.1281	8.0067	-2.2618	3.2189	0.5992	0.5682	-0.2759	-0.5456	-0.3864	0.6685	0.7169	0.0362	-0.2128	0.243	0.0126	-0.0688	0.1378	-0.0615	0.1949	-41.5786	-21.1012	24.4265
8	5.9719	0.7944	0.19	6.3133	0.6968	3.5104	0.0865	-0.0736	0.5627	0.1502	-0.0092	-0.5695	-0.1574	-0.1354	-0.0773	0.0737	0.0152	0.0712	0.3783	-0.0071	0.4257	-36.4681	10.986	23.0631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	80 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	188 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	92 - 191
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	192 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	75 - 187
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	188 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	79 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	190 - 247

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