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- PDB-4o8j: Crystal structure of RtcA, the RNA 3'-terminal phosphate cyclase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8j
タイトルCrystal structure of RtcA, the RNA 3'-terminal phosphate cyclase from Pyrococcus horikoshii, in complex with rACAAA3'phosphate and adenine.
要素
  • RNA
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase
キーワードLigase/RNA / 3' RNA Cyclase / RNA / Ligase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP) / RNA-3'-phosphate cyclase activity / RNA processing / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily ...RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / RNA / RNA 3'-terminal phosphate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Desai, K.K. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Raines, R.T.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: Structure of RNA 3'-phosphate cyclase bound to substrate RNA.
著者: Desai, K.K. / Bingman, C.A. / Cheng, C.L. / Phillips Jr., G.N. / Raines, R.T.
履歴
登録2013年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32020年9月23日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 3'-terminal phosphate cyclase
B: RNA 3'-terminal phosphate cyclase
D: RNA
E: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0277
ポリマ－78,2554
非ポリマー7733
水10,989610
1
A: RNA 3'-terminal phosphate cyclase
E: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3953
ポリマ－39,1272
非ポリマー2671
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
2
B: RNA 3'-terminal phosphate cyclase
D: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6334
ポリマ－39,1272
非ポリマー5062
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.921, 110.261, 127.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA cyclase / RNA-3'-phosphate cyclase


分子量: 37221.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1529, PHCV028, rtcA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O59198, RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP)
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 1906.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 3350, cryoprotected by supplementing with 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日
放射モノクロメーター: Dual silicon, K-B mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 75635 / Num. obs: 75619 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 %
反射 シェル解像度: 2.04→2.08 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4O89

4o89


解像度: 2.04→46.14 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 1968 2.74 %thin shells
Rwork0.1587 ---
all0.16 71784 --
obs0.1597 71772 94.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5248 218 53 610 6129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3637735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9332150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007948
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0401-2.09110.2846700.20912481X-RAY DIFFRACTION47
2.0911-2.14760.25971160.20724145X-RAY DIFFRACTION80
2.1476-2.21080.2061410.18534961X-RAY DIFFRACTION94
2.2108-2.28220.2531450.18495168X-RAY DIFFRACTION99
2.2822-2.36370.23781470.175232X-RAY DIFFRACTION100
2.3637-2.45840.22961490.15935243X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.57020.22061470.15855233X-RAY DIFFRACTION100
2.5702-2.70570.20881480.15155259X-RAY DIFFRACTION100
2.7057-2.87520.18111480.15455245X-RAY DIFFRACTION100
2.8752-3.09720.17671490.15235275X-RAY DIFFRACTION100
3.0972-3.40880.21821500.14885303X-RAY DIFFRACTION100
3.4088-3.90180.17811490.14385307X-RAY DIFFRACTION100
3.9018-4.9150.16531520.13435394X-RAY DIFFRACTION100
4.915-46.15140.19021570.18255558X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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