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- PDB-4o7d: Crystal structure of human glutaminase in complex DON -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o7d
タイトルCrystal structure of human glutaminase in complex DON
要素Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / glutaminase / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / glutaminase / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-OXO-L-NORLEUCINE / Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thangavelu, K. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the active site inhibition mechanism of human kidney-type glutaminase (KGA)
著者: Thangavelu, K. / Chong, Q.Y. / Low, B.C. / Sivaraman, J.
履歴
登録2013年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6072
ポリマ－34,4611
非ポリマー1451
水1,54986
1
A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,4268
ポリマ－137,8454
非ポリマー5814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area6630 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.278, 139.278, 155.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-751-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / GLS / K-glutaminase / L-glutamine amidohydrolase


分子量: 34461.355 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 221-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLS, GLS1, KIAA0838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94925, glutaminase
#2: 化合物 ChemComp-ONL / 5-OXO-L-NORLEUCINE / 5-オキソ-L-ノルロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.470732 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.516716 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Bis-Tris propane (pH 7.2), 1.8M Lithium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 34102 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→25.771 Å / FOM work R set: 0.8508 / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1722 5.06 %
Rwork0.1928 --
obs0.1937 34035 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.353 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.74 Å2 / Biso mean: 54.57 Å2 / Biso min: 29.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3778 Å2-0 Å20 Å2
2---9.3778 Å2-0 Å2
3---18.7556 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 10 86 2508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.023353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.868897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005438
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.36770.31821400.29092584272496
2.3677-2.44410.28161420.26232624276699
2.4441-2.53130.26421250.252226932818100
2.5313-2.63260.28841440.221126572801100
2.6326-2.75230.23861420.223126822824100
2.7523-2.89720.23831510.208526612812100
2.8972-3.07850.23121240.204727132837100
3.0785-3.31570.22191490.197126802829100
3.3157-3.64850.20851530.191926902843100
3.6485-4.17460.17681540.163827072861100
4.1746-5.25220.17551590.154627392898100
5.2522-25.77220.20481390.196128833022100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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