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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o5p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an uncharacterized protein from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / phospholipase effector | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF2235 / T6SS, Phospholipase effector Tle1-like, catalytic domain / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, H.D. / Gao, Z.Q. / Zhang, H. / Dong, Y.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the type VI secretion phospholipase effector Tle1 provides insight into its hydrolysis and membrane targeting. 著者: Hu, H.D. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, D. / Liu, G. / Xu, J. / Lan, K. / Dong, Y.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 90.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97574.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.04M citric acid, 0.1M Bis-Tris propane, 17% pEG 3350 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 109609 / Num. obs: 109609 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 5486 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→28.298 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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