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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o5j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SabA from Helicobacter pylori | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / tetratricopeptide repeat / Adhesin / Carbohydrate/Sugar Binding / outer membrane protein / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ) | ||||||
機能・相同性 | SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Outer membrane protein / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Pang, S.S. / Nguyen, S.T.S. / Whisstock, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: The three-dimensional structure of the extracellular adhesion domain of the sialic acid-binding adhesin SabA from Helicobacter pylori 著者: Pang, S.S. / Nguyen, S.T.S. / Perry, A.J. / Day, C.J. / Panjikar, S. / Tiralongo, J. / Whisstock, J.C. / Kwok, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o5j.cif.gz | 163.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o5j.ent.gz | 135 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o5j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50298.727 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal extracellular adhesion domain, UNP residues 4-463 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: C694_03730, SabA / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: K4NCD9, UniProt: A0A2I8VBX7*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.49 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200mM sodium acetate, 18-20% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→90.03 Å / Num. all: 60972 / Num. obs: 60966 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1,2
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→90.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 5.433 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALL
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.126 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→90.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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