ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CrystalClearデータ収集 MOLREP位相決定 REFMAC5.7.0032精密化 XDSデータ削減 XDSデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB Entry 4GDV解像度 : 1.9→28.73 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.958 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.952 / SU B : 2.114 / SU ML : 0.063 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.102 / ESU R Free : 0.099 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.21337 4120 5 % RANDOM Rwork 0.19309 - - - all 0.19413 78216 - - obs 0.19413 78216 98.17 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 43.04 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.02 Å2 0.02 Å2 0 Å2 2- - 0.02 Å2 0 Å2 3- - - -0.06 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→28.73 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4233 0 2 178 4413
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 20) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.019 4333 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 4230 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.575 1.959 5855 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.825 3 9704 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.353 5 593 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.023 23.614 166 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.258 15 727 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg15.069 15 34 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.095 0.2 676 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 5029 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 945 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it3.119 3.977 2360 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other3.117 3.974 2359 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it4.25 5.937 2948 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_other4.251 5.94 2949 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.733 4.602 1973 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_other3.731 4.599 1972 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_other5.748 6.674 2904 X-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_refined7.291 32.204 4875 X-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_other7.284 32.106 4821
LS精密化 シェル 解像度 : 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.264 280 - Rwork 0.255 5788 - obs - - 98.97 %