PDB-4o34: Room temperature macromolecular serial crystallography using sync...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o34

タイトル

Room temperature macromolecular serial crystallography using synchrotron radiation

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Stellato, F. / Oberthuer, D. / Liang, M. / Bean, R. / Gati, C. / Yefanov, O. / Barty, A. / Burkhardt, A. / Fischer, P. / Galli, L. ...

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2014
タイトル: Room-temperature macromolecular serial crystallography using synchrotron radiation.
著者: Stellato, F. / Oberthur, D. / Liang, M. / Bean, R. / Gati, C. / Yefanov, O. / Barty, A. / Burkhardt, A. / Fischer, P. / Galli, L. / Kirian, R.A. / Meyer, J. / Panneerselvam, S. / Yoon, C.H. / ...

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o34.cif.gz	58.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o34.ent.gz	47.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o34_validation.pdf.gz	414.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o34_full_validation.pdf.gz	415.1 KB	表示
XML形式データ	4o34_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	4o34_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7e02-d 7cdq-d 3qy4-d 7byp-d 1lse-d 4lyb-d 4zfp-d 4n8z-d 4wld-d 3aw7-d 7d01-d 1heo-d 6muz-d 7d05-d 7bvo-d 7cdp-d 5fel-d 5k2s-d 7d02-d 6sew-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.300, 79.300, 38.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Egg / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 40233

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 3 詳細: 14.7 % (w/v) NaCl, 22 % (w/v) PEG 8000, 500 mM acetate buffer pH 3, 100 mg/ml lysozyme, batch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 296 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.27 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月23日 / 詳細: Fresnel zone plate
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→56.07 Å / Num. all: 16081 / Num. obs: 16081 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1755 % / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 1281 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→56.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 12.69 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23011	709	10 %	RANDOM
R_work	0.17639	-	-	-
obs	0.18152	6411	93.44 %	-
all	-	7523	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.22 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→56.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	3	12	1015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.076	1.901	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.753	3	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.869	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.992	23	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.891	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.569	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.561	3.255	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.559	3.249	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.265	4.868	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.056	3.632	509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	40	-
R_work	0.28	406	-
obs	-	-	81.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.07 Å / Origin y: 38.817 Å / Origin z: 9.637 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1405 Å²	0.0125 Å²	0.0096 Å²	-	0.124 Å²	0.0098 Å²	-	-	0.02 Å²
L	4.0405 °²	1.5528 °²	0.557 °²	-	3.4462 °²	0.5543 °²	-	-	2.1927 °²
S	0.0807 Å °	-0.0822 Å °	-0.2721 Å °	0.0506 Å °	-0.043 Å °	-0.0992 Å °	0.0628 Å °	0.0415 Å °	-0.0378 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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