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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o0d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human L-asparaginase protein T168S mutant | ||||||
![]() | Isoaspartyl peptidase/L-asparaginase | ||||||
![]() | HYDROLASE / NTN ENZYME / HOMODIMER / asparaginase | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-aspartyl-peptidase / asparagine catabolic process via L-aspartate / Phenylalanine metabolism / asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / photoreceptor inner segment / proteolysis / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nomme, J. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elucidation of the Specific Function of the Conserved Threonine Triad Responsible for Human l-Asparaginase Autocleavage and Substrate Hydrolysis. 著者: Nomme, J. / Su, Y. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32218.615 Da / 分子数: 2 / 変異: T168S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7L266, beta-aspartyl-peptidase, asparaginase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GLY / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.2-2.5 M sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月7日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL - LIQUID NITROGEN cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 36456 / Num. obs: 36456 / % possible obs: 82.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.89 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.75 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 3.18 / % possible all: 71.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4GDV ![]() 4gdv 解像度: 1.95→29.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 3.595 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.645 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
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