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万見
- PDB-4nzl: Extracellular proteins of Staphylococcus aureus inhibit the neutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzl
タイトルExtracellular proteins of Staphylococcus aureus inhibit the neutrophil serine proteases
要素
  • Neutrophil elastase
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Primarily beta / Serine protease / protease inhibitor / innate immunity / Azurophilic granules / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Activation of Matrix Metalloproteinases / positive regulation of MAP kinase activity / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / protein catabolic process / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / azurophil granule lumen / transcription corepressor activity / peptidase activity / heparin binding / : / protease binding / response to lipopolysaccharide / endopeptidase activity / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / : / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...MAP domain / MAP domain / MAP repeat profile. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / : / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAP domain-containing protein / Neutrophil elastase / MAP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Stapels, D.A.C. / von Koeckritz-Blickwede, M. / Ramyar, K.X. / Bischoff, M. / Milder, F. / Ruyken, M. / Scheepmaker, L. / McWhorter, W.J. / Herrmann, M. / van Kessel, K.P.M. ...Stapels, D.A.C. / von Koeckritz-Blickwede, M. / Ramyar, K.X. / Bischoff, M. / Milder, F. / Ruyken, M. / Scheepmaker, L. / McWhorter, W.J. / Herrmann, M. / van Kessel, K.P.M. / Geisbrecht, B.V. / Rooijakkers, S.H.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Staphylococcus aureus secretes a unique class of neutrophil serine protease inhibitors.
著者: Stapels, D.A. / Ramyar, K.X. / Bischoff, M. / von Kockritz-Blickwede, M. / Milder, F.J. / Ruyken, M. / Eisenbeis, J. / McWhorter, W.J. / Herrmann, M. / van Kessel, K.P. / Geisbrecht, B.V. / Rooijakkers, S.H.
履歴
登録2013年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil elastase
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5074
ポリマ－36,0412
非ポリマー1,4652
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.952, 94.952, 84.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 断片: mature neutrophil elastase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12722.285 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 43-141 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV2205 / プラスミド: pT7HMT EapH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99S64, UniProt: A0A0H3K0M1*PLUS
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 1.0 M succinic acid, 0.1 M Na-HEPES, 1% (w/v) PEG 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.2207
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月25日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2207 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.48 Å / Num. obs: 366006 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1525)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q76 AND 1YN4

3q76

1yn4


解像度: 1.85→47.476 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 1776 4.98 %
Rwork0.166 --
obs0.1681 35647 96.77 %
all-36833 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 98 291 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1093470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.805889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8501-1.90010.25051280.20392469X-RAY DIFFRACTION91
1.9001-1.9560.22321330.18212470X-RAY DIFFRACTION93
1.956-2.01920.20721340.17592533X-RAY DIFFRACTION95
2.0192-2.09130.2261340.1662522X-RAY DIFFRACTION94
2.0913-2.17510.1971300.17062567X-RAY DIFFRACTION96
2.1751-2.27410.2511320.16822601X-RAY DIFFRACTION96
2.2741-2.3940.19951390.17122612X-RAY DIFFRACTION97
2.394-2.54390.19581380.16932629X-RAY DIFFRACTION98
2.5439-2.74030.21381380.17592648X-RAY DIFFRACTION98
2.7403-3.01610.20421450.18642685X-RAY DIFFRACTION99
3.0161-3.45240.22051420.17612679X-RAY DIFFRACTION100
3.4524-4.34920.20141440.14722706X-RAY DIFFRACTION100
4.3492-47.49160.18651390.14862750X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67230.37310.03280.94930.25221.06710.04820.0430.01070.051-0.0232-0.03960.04640.09580.00130.1355-0.0087-0.00180.13220.01570.1365-33.140120.5559-1.7211
20.1552-0.042-0.01310.1692-0.00240.3574-0.2533-0.07470.3976-0.25430.01860.1654-0.8293-0.2364-0.16590.54020.0711-0.11830.2368-0.04660.3535-39.015846.2224-1.6731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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