PDB-4nxu: Crystal structure of the cytosolic domain of human MiD51

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nxu

タイトル

Crystal structure of the cytosolic domain of human MiD51

要素

Mitochondrial dynamic protein MID51

キーワード

TRANSFERASE / protein-nucleotide complex / nucleotidyltransferase / protein-protein interaction / ADP / GDP / Drp1 / membrane-anchored

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mitochondrial fusion / mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein targeting to membrane / ADP binding / GDP binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Richter, V. / Kvansakul, M. / Ryan, M.T.

引用

ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analysis of MiD51, a dynamin receptor required for mitochondrial fission.
著者: Richter, V. / Palmer, C.S. / Osellame, L.D. / Singh, A.P. / Elgass, K. / Stroud, D.A. / Sesaki, H. / Kvansakul, M. / Ryan, M.T.

履歴

登録	2013年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4nxu.ent.gz	629.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4nxu_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nxu_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	4nxtC 4nxvC 4nxwC 4nxxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nxv-1 5x9c-2 4nxv-4 4nxv-2 4nxt-2 5q3r-d 5d22-d 5x9b-d 5q2a-d 4nxt-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Mitochondrial dynamic protein MID51

B: Mitochondrial dynamic protein MID51

C: Mitochondrial dynamic protein MID51

D: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
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2

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ヘテロ分子

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3

C: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

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4

D: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

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5

A: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

D: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
78.6 kDa, 2 ポリマー
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6

C: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

B: Mitochondrial dynamic protein MID51

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.573, 79.265, 79.375
Angle α, β, γ (deg.)	65.44, 84.18, 63.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Mitochondrial dynamic protein MID51 / Mitochondrial dynamic protein of 51 kDa / Mitochondrial elongation factor 1 / Smith-Magenis ...Mitochondrial dynamic protein of 51 kDa / Mitochondrial elongation factor 1 / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 7 protein-like 分子量: 38822.656 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 119-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: candidate 7-like, MID51, MIEF1, SMCR7L, Smith-Magenis syndrome chromosome region プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NQG6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 8000, 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 0.2M ammonium sulfate, 0.01M ADP, 0.01M manganese chloride , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 62135 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 62135

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→39.189 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2477	3090	4.97 %	random
R_work	0.2161	-	-	-
obs	-	62135	97.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10165	0	140	341	10646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	14411
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.963	3848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3359	0.3159	115	0.2922	2720	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3359-2.3742	0.3103	134	0.2808	2616	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3742-2.4152	0.3061	150	0.2721	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4152-2.4591	0.2888	145	0.2613	2619	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4591-2.5064	0.2704	144	0.2645	2696	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5064-2.5575	0.2878	148	0.2579	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5575-2.6131	0.2849	142	0.2443	2648	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6131-2.6739	0.303	143	0.2575	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6739-2.7407	0.307	128	0.2607	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7407-2.8148	0.2705	116	0.2489	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8148-2.8976	0.3074	158	0.2462	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8976-2.9911	0.2507	140	0.2377	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9911-3.098	0.269	136	0.2292	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
3.098-3.222	0.2738	155	0.219	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
3.222-3.3685	0.2533	140	0.2207	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3685-3.546	0.2089	148	0.2079	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
3.546-3.768	0.2588	136	0.1998	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
3.768-4.0587	0.2352	148	0.1975	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0587-4.4666	0.2158	120	0.1782	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4666-5.1117	0.2184	146	0.1769	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1117-6.4356	0.2433	157	0.2119	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4356-39.1947	0.1835	141	0.1863	2726	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8782	0.5575	-0.9705	1.3356	-0.8375	2.9882	0.6152	0.8716	1.5655	0.3202	-0.3034	0.2217	-0.7548	-0.1256	-0.1175	0.3703	0.0399	0.073	0.2936	0.1246	0.6031	1.4966	-9.7281	-17.4658
2	5.1005	1.6906	-0.3117	5.5444	-1.331	2.7989	0.0331	-0.2379	0.3087	0.7645	0.4391	0.7468	-0.3964	-0.7914	-0.3236	0.33	0.1608	0.109	0.5382	0.0055	0.4504	-19.552	-24.8984	0.0234
3	1.4545	-0.3399	0.5182	2.43	-1.2448	0.5057	-0.0282	-0.3149	-0.5948	0.3635	0.3267	0.5946	-0.061	-0.2194	-0.313	0.3409	-0.0054	0.0513	0.3318	0.092	0.4817	-8.676	-44.4939	-0.5185
4	2.2036	-1.3278	-0.7859	0.6453	0.0223	0.4159	0.1621	-0.158	-0.4923	-0.4452	0.076	0.6454	0.0199	-0.4469	-0.2666	0.3536	0.0413	0.0049	0.5381	0.2386	0.7387	-24.9849	-35.3441	-5.2959
5	3.5603	-1.6168	-0.6301	6.3201	-1.7502	3.2677	-0.1567	0.2597	0.1457	-0.3452	0.2865	0.5624	-0.2967	-0.8003	-0.1103	0.2574	0.0302	-0.0339	0.4028	0.0841	0.4567	-17.8795	-29.414	-8.7245
6	2.3679	0.5461	-1.2831	2.8411	-0.8563	1.7297	0.0344	-0.1056	-0.0595	0.0543	0.0108	0.1572	-0.0177	0.0427	-0.0011	0.1682	0.034	-0.0242	0.2313	0.0254	0.2401	0.7171	-30.7485	-9.3496
7	2.8177	0.8363	-0.76	3.9991	0.2396	1.7189	-0.0844	0.2751	-0.0232	-0.0268	0.1094	-0.0827	0.1014	0.1696	-0.0108	0.1897	-0.0055	0.0186	0.2307	0.004	0.1915	10.1832	-26.7061	-16.7191
8	2.0475	-0.425	-0.0581	2.0106	0.5052	1.8641	0.1535	0.0828	0.1206	0.2003	0.1511	-0.526	0.2385	0.358	-0.3081	0.2368	-0.017	-0.034	0.3798	-0.0047	0.2612	-25.2031	-8.5285	-30.0496
9	2.5191	0.6021	-1.5191	1.9408	0.7169	1.8184	-0.1776	0.5527	-0.2767	0.0861	0.0439	0.0758	0.3098	-0.1878	0.1016	0.3356	-0.0545	-0.0199	0.3538	-0.0298	0.1783	-45.2615	-22.9351	-35.0547
10	6.2033	1.7038	4.9282	2.3745	1.3575	3.8879	0.4493	-0.6482	-0.5938	0.3278	-0.2641	-0.8797	0.1683	0.5761	-0.0824	0.3957	0.0366	-0.1206	0.5095	0.0532	0.5449	-20.2955	-20.0377	-24.7532
11	1.3228	0.5537	-0.2962	2.7623	0.7395	1.6532	0.0522	0.1181	0.1977	-0.1445	0.0402	-0.0501	-0.2441	0.1182	-0.0649	0.2497	-0.0277	-0.0147	0.2557	0.0341	0.1977	-39.3326	0.0074	-25.5993
12	1.5683	-1.8556	0.6785	3.7616	1.67	4.3858	0.3722	-0.802	0.2016	1.4827	-0.452	0.3162	0.3787	-0.0091	0.3033	0.6081	-0.045	-0.0188	0.4041	0.0227	0.2506	-38.7442	5.0047	-8.0472
13	5.138	-6.6258	-1.4394	8.8553	1.847	0.3096	0.182	-0.0922	0.6712	-0.4952	-0.1095	-1.1613	0.1608	0.1553	-0.203	0.2823	-0.0312	0.0201	0.484	0.0136	0.8684	9.4143	8.3489	7.1309
14	2.1463	0.7239	-0.5834	2.082	-0.1551	1.2322	0.0932	-0.1506	0.0304	0.212	0.0231	-0.1908	0.0548	0.2646	-0.0765	0.2556	0.0461	-0.0727	0.2681	-0.0223	0.1858	-22.0737	9.3972	16.4812
15	4.128	3.218	1.5047	4.0081	1.0615	3.0818	0.2968	0.099	0.1694	0.1723	-0.1484	0.4143	0.1675	-0.1197	-0.0753	0.2474	0.0564	-0.0077	0.197	0.0037	0.274	-38.608	6.2752	13.5672
16	2.4388	0.4157	0.3945	3.7331	0.7215	0.9378	-0.0862	0.5111	0.2758	-0.5006	0.1952	-0.1285	-0.2126	0.2261	-0.125	0.3716	0.0065	0.0038	0.3929	-0.0255	0.2307	-21.0132	17.0505	9.8555
17	4.6197	1.0706	-1.4422	3.1132	-0.5543	1.5973	-0.1179	-0.3774	-0.7877	-0.1764	-0.1045	-0.9911	0.087	0.5156	0.2095	0.3181	0.0512	0.0498	0.4497	0.0048	0.613	-3.3365	-1.9407	9.4134
18	4.0165	0.0206	0.3208	0.8335	1.1179	2.0964	-0.4407	0.6895	-0.4087	-0.8259	0.0233	-0.7661	-0.1833	0.4309	0.2029	0.5698	0.0483	0.1843	0.4469	-0.0773	0.5895	-5.8639	-3.6836	-2.1228
19	3.5547	0.2692	-1.1628	1.6361	0.7679	2.6954	-0.0363	0.1014	-0.219	-0.2371	0.036	-0.1128	-0.2717	-0.1941	-0.0227	0.4442	0.0293	0.0848	0.3298	0.0349	0.3283	3.826	7.7582	-50.1236
20	1.1052	-0.9874	-0.0866	1.5238	1.425	2.8702	0.2474	-0.0881	-0.1498	0.4174	0.3566	-0.2375	0.0258	0.1278	-0.5467	0.489	-0.0234	0.2069	0.4036	-0.0202	1.0467	11.8754	-14.5413	-50.2925
21	4.8943	0.9061	-0.2482	4.5341	0.1769	3.7288	0.0782	-0.2439	0.2027	0.2028	0.4335	-1.0568	-0.6731	0.9126	-0.2419	0.7778	-0.2083	0.1374	0.6266	-0.2256	0.6502	20.2278	13.1535	-47.083
22	3.8963	0.7893	-0.3243	2.8469	0.7912	2.3732	-0.0511	-0.3312	-0.2724	-0.1103	-0.0547	-0.2207	-0.2089	-0.3602	-0.1492	0.3304	0.0424	0.1044	0.4781	-0.0021	0.3883	0.0163	1.9352	-47.248
23	1.185	0.4422	-0.8837	3.7041	0.0578	1.4798	0.2309	-0.0542	0.3324	-0.3239	-0.3186	0.3155	-0.379	-0.7662	-0.069	0.4935	0.1214	0.1034	0.6334	-0.0867	0.4935	-14.7865	12.7138	-40.5367
24	2.498	0.5294	-0.4499	3.1598	-0.4351	2.0367	0.0785	-0.3066	0.2194	0.5654	-0.2547	0.1194	-0.3441	-0.2428	0.3077	0.5279	-0.0533	0.085	0.7208	-0.0736	0.4401	-12.2385	6.9952	-32.4777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 132 through 150 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 151 through 175 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 259 through 289 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 290 through 318 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 319 through 381 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 382 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 132 through 200 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 201 through 282 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 283 through 305 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 306 through 439 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 440 through 462 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 131 through 150 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 151 through 235 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 236 through 271 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 272 through 333 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 334 through 420 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 421 through 462 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 132 through 230 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 231 through 269 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 270 through 305 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 306 through 359 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 360 through 421 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 422 through 462 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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