PDB-4nxs: Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nxs

タイトル

Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with 1-deoxygalactonojirimycin-pFPhT

要素

Alpha-galactosidase A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Pharmacological Chaperone / Drug Delivery Systems / Enzyme Activation / Enzyme Stability / Humans / Lysosomes / Molecular Chaperones / Protein Binding / alpha-Galactosidase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor Complex / Fabry Disease / GLA Gene / Arylthiourea

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / glycosphingolipid catabolic process / alpha-galactosidase activity / galactoside binding / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5493 Å

データ登録者

Johnson, J.L. / Drury, J.E. / Lieberman, R.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Molecular Basis of 1-Deoxygalactonojirimycin Arylthiourea Binding to Human alpha-Galactosidase A: Pharmacological Chaperoning Efficacy on Fabry Disease Mutants.
著者: Yu, Y. / Mena-Barragan, T. / Higaki, K. / Johnson, J.L. / Drury, J.E. / Lieberman, R.L. / Nakasone, N. / Ninomiya, H. / Tsukimura, T. / Sakuraba, H. / Suzuki, Y. / Nanba, E. / Mellet, C.O. / ...

履歴

登録	2013年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nxs.cif.gz	329.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nxs.ent.gz	270.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nxs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gxnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hg5-d 6ibt-d 6ibr-d 3hg2-d 2beu-d 6ibk-d 3s5z-d 3lxc-d 1ktb-1 1ktc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-galactosidase A

B: Alpha-galactosidase A

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.783, 90.783, 217.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	chain A	A	A	32 - 421	1 - 390
2	GLN	GLN	chain B	B	B	32 - 422	1 - 391

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alpha-galactosidase A / Alpha-D-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / Melibiase 分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 103分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-2OZ / (2R,3S,4R,5S)-N-(4-fluorophenyl)-3,4,5-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)piperidine-1-carbothioamide 分子量: 316.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇FN₂O₄S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M acetate pH 4.5, 0.215 M ammonium sulfate, and 24% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.549→50 Å / Num. obs: 33831 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.549-2.59	3.6	0.471	1	75.8
2.59-2.64	4.6	0.425	1	91
2.64-2.69	5.1	0.372	1	94.4
2.69-2.75	5.2	0.323	1	96.1
2.75-2.81	5.3	0.323	1	96.4
2.81-2.87	5.3	0.266	1	97.8
2.87-2.94	5.5	0.237	1	98.3
2.94-3.02	5.4	0.215	1	99
3.02-3.11	5.6	0.18	1	98.9
3.11-3.21	5.6	0.166	1	98.7
3.21-3.33	5.6	0.138	1	98.8
3.33-3.46	5.6	0.121	1	99.4
3.46-3.62	5.6	0.111	1	99.9
3.62-3.81	5.6	0.101	1	99.3
3.81-4.05	5.5	0.091	1	99.3
4.05-4.36	5.4	0.072	1	98.2
4.36-4.8	5.4	0.072	1	98
4.8-5.49	5.6	0.077	1	98.1
5.49-6.92	5.6	0.07	1	99.5
6.92-50	5.2	0.059	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GXN

3gxn

解像度: 2.5493→38.683 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2317	1992	5.9 %
R_work	0.1871	-	-
obs	0.1898	33736	97.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.7646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5493→38.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6253	0	179	96	6528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6630
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895	9010
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.471	2410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	938
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1157

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	3686	X-RAY DIFFRACTION	TORSIONAL
1	2	B	3686	X-RAY DIFFRACTION	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5493-2.6131	0.331	128	0.2659	1963	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6131-2.6837	0.2857	135	0.2319	2130	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6837-2.7626	0.2975	137	0.226	2202	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7626-2.8518	0.2776	137	0.2351	2226	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8518-2.9537	0.2891	139	0.2269	2255	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9537-3.0719	0.2728	143	0.2121	2267	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0719-3.2116	0.2703	144	0.215	2291	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2116-3.3809	0.2594	145	0.2038	2301	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3809-3.5925	0.2474	143	0.1869	2298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5925-3.8697	0.2162	145	0.1733	2321	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8697-4.2587	0.1846	141	0.1443	2321	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2587-4.8739	0.1577	142	0.1369	2313	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8739-6.1366	0.1958	153	0.1725	2362	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1366-38.6872	0.25	160	0.202	2494	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6216	-0.0015	-0.0132	2.9884	-0.0173	1.5247	-0.0693	-0.3797	0.2454	0.3628	0.042	0.2294	-0.3499	0.0458	-0.0266	0.4355	0.0137	0.0034	0.2836	0.0096	0.3329	40.742	-7.5056	6.39
2	2.7586	-0.3368	0.2268	3.4389	0.3406	2.8169	-0.2309	-0.2355	0.2844	0.1966	0.063	0.3397	-0.5677	-0.3498	0.1512	0.4548	0.0422	-0.0135	0.4502	0.0159	0.3155	35.6489	-1.2646	3.4155
3	0.6976	-0.2412	0.0816	1.9115	0.3211	1.5446	-0.0252	0.0188	0.0334	-0.1845	-0.0189	0.1873	-0.1417	-0.1608	0.0395	0.2937	-0.0333	-0.0093	0.3577	0.0177	0.2868	39.3232	-20.3642	-4.4848
4	3.2907	-1.3235	-0.1164	3.9216	3.3218	3.171	0.0346	0.2945	-0.034	0.0672	0.1852	-0.212	0.3677	0.4836	-0.2576	0.3795	0.0245	-0.0207	0.4704	0.0125	0.3095	58.8405	-37.591	-5.7544
5	2.4008	-0.9037	-0.0519	2.3833	0.8356	2.5921	-0.2537	-0.0057	-0.2919	-0.0351	-0.0106	-0.0353	0.5359	0.2433	0.1714	0.3926	0.0171	0.0694	0.4059	0.0531	0.3593	54.8057	-49.0765	23.2044
6	2.4017	-1.0226	-0.1677	2.3052	1.0086	2.6334	-0.2343	-0.2326	-0.5332	0.3906	0.0634	-0.0114	0.7601	0.3688	0.2026	0.7149	0.0607	0.1083	0.4732	0.0856	0.4566	55.0169	-57.3826	24.9418
7	2.3733	-0.8979	-0.9823	1.9834	-0.2453	2.2677	-0.2728	-0.2198	-0.8001	0.2574	-0.0267	0.0775	1.0123	0.2143	0.3305	0.7361	0.0482	0.1092	0.4357	0.0752	0.4538	51.8158	-59.2677	27.3634
8	2.7641	0.1725	-0.6139	2.6639	0.0706	2.1723	-0.3889	0.0466	-0.6792	0.3197	0.1073	0.3301	0.7482	-0.1477	0.2989	0.8116	-0.0617	0.2225	0.4111	0.0794	0.5978	39.7603	-59.3916	32.2973
9	2.0886	-0.6962	-0.6831	2.611	-0.5627	3.6887	-0.2257	-0.1439	-0.6038	0.3216	-0.0787	0.572	0.6041	-0.2929	0.1732	0.6087	-0.1252	0.146	0.516	0.0256	0.5101	36.7012	-48.2348	31.7594
10	1.9227	-0.9944	-0.7086	2.3283	0.109	3.2681	-0.0889	0.0225	-0.3768	0.0444	-0.0869	0.209	0.2478	-0.2673	0.0897	0.3292	-0.0944	0.0191	0.4038	0.0118	0.2873	38.8262	-36.6351	27.2455
11	1.923	-1.0544	-0.9647	2.287	0.7665	2.5738	0.0106	-0.1002	0.1245	0.0656	0.0564	-0.1498	-0.0429	0.3359	-0.012	0.3625	-0.0419	0.0033	0.3549	0.0277	0.2927	52.4401	-35.565	28.0677
12	1.7588	-0.8353	-0.7047	2.0254	0.187	2.4183	0.1005	-0.5013	0.0938	0.4321	0.0312	0.0844	-0.2079	-0.2659	-0.0381	0.4152	-0.0324	0.0548	0.4439	-0.0428	0.3	36.3104	-24.2999	35.4186
13	2.3258	-0.199	-0.6766	1.6034	-0.1987	4.009	0.0435	-0.2836	0.37	0.2839	-0.0535	0.005	-0.6127	-0.0274	-0.0009	0.5882	-0.0791	0.1116	0.4439	-0.0388	0.4183	41.3195	-17.1079	37.3823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 388 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 389 through 421 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 32 through 78 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 79 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 116 through 151 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 152 through 215 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 216 through 235 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 236 through 289 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 290 through 320 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 321 through 388 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 389 through 422 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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