[日本語] English
万見
- PDB-4nqv: Crystal Structure of HLA A*0101 in complex with NP44, an 9-mer in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqv
タイトルCrystal Structure of HLA A*0101 in complex with NP44, an 9-mer influenza epitope
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードImmune System/Viral Protein / immune system / HLA presenting H7N9 viral epitope / T cell receptor / Immune System-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Viral Messenger RNA Synthesis / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / vRNP Assembly / helical viral capsid / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Viral mRNA Translation / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral penetration into host nucleus / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
H7N9 subtype (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Preexisting CD8+ T-cell immunity to the H7N9 influenza A virus varies across ethnicities.
著者: Quinones-Parra, S. / Grant, E. / Loh, L. / Nguyen, T.H. / Campbell, K.A. / Tong, S.Y. / Miller, A. / Doherty, P.C. / Vijaykrishna, D. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Kedzierska, K.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
K: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: Nucleoprotein
N: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein
Q: Nucleoprotein
R: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,53118
ポリマ－267,53118
非ポリマー00
水14,556808
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
M: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5893
ポリマ－44,5893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
N: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5893
ポリマ－44,5893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
3
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
O: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5893
ポリマ－44,5893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
4
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
P: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5893
ポリマ－44,5893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
5
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
Q: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5893
ポリマ－44,5893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
6
K: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
R: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5893
ポリマ－44,5893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.538, 81.496, 140.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain / MHC class I antigen A*1


分子量: 31636.955 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
Nucleoprotein


分子量: 1072.210 Da / 分子数: 6 / 断片: NP44, 9-mer influenza epitope / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) H7N9 subtype (ウイルス) / 参照: UniProt: P03466*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE 9-MER PEPTIDE NP44 IS INFLUENZA EPITOPE. BUT THE EPITOPE IS SHARED BY MANY STRAINS, THUS IT IS ...THE 9-MER PEPTIDE NP44 IS INFLUENZA EPITOPE. BUT THE EPITOPE IS SHARED BY MANY STRAINS, THUS IT IS NOT APPROPRIATE TO ASSIGN A UNP REFERENCE OF SPECIFIC STRAIN.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M MgCl, 0.1M Na-citrate pH 5.6, 15-20% PEG 6K, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.39→43.492 Å / Num. all: 100231 / Num. obs: 100231 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 10.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BO8

3bo8


解像度: 2.39→43.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9071 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.585 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2914 4976 4.98 %RANDOM
Rwork0.2555 ---
all0.25 ---
obs0.2573 99957 98.78 %-
原子変位パラメータBiso max: 175.7 Å2 / Biso mean: 62.5528 Å2 / Biso min: 15.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2443 Å20 Å2-1.121 Å2
2--2.4323 Å20 Å2
3----2.1881 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.553 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→43.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18820 0 0 808 19628
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8863SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2801HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19318HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2387SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21268SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19318HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26174HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.51
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3059 321 4.73 %
Rwork0.2742 6466 -
all0.2757 6787 -
obs--98.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7184-0.6820.4234.52590.22865.0469-0.1094-0.0885-0.1302-0.04080.19130.07210.3731-0.1397-0.08190.0546-0.00730.01770.01290.06080.070323.263-5.127461.5385
21.09151.1473-0.29953.3637-0.77540.7894-0.15410.0404-0.1024-0.8380.2812-0.2365-0.01220.2767-0.12710.6006-0.19450.07420.269-0.07310.021933.693415.418935.3807
32.7859-0.1659-0.05463.2460.9767-0.182-0.52790.06330.2331-0.3879-0.39980.3211-0.11140.02950.92770.3966-0.0118-0.17490.16920.06540.210617.355614.419641.9465
41.3029-0.8173-0.05422.6057-0.65482.8612-0.10580.09610.3343-0.47990.21260.6246-0.2076-0.326-0.10680.22390.0004-0.13160.22960.10150.331813.154515.214746.3968
53.362-2.24420.55274.6335-1.16981.4779-0.09480.08440.3091-0.1618-0.0797-0.5529-0.28530.10640.17450.5832-0.0776-0.00410.1369-0.00180.16929.4558.9532-0.496
60.89840.49930.39235.50390.96450.3847-0.17620.1873-0.22680.024-0.0609-0.0570.2372-0.03790.23710.4145-0.00270.09360.176-0.1050.294729.2669-26.55646.7627
79.1352-4.69372.33791.7681-0.680510.0664-0.0976-0.1620.51410.24690.12940.3776-0.5158-0.4222-0.03190.4890.08420.02870.36590.04220.385817.87260.823917.1246
82.8158-1.29471.59842.29-1.34443.7642-0.188-0.4119-0.08490.20210.0631-0.283-0.31380.16760.12490.46020.0213-0.06110.2661-0.01870.129336.4695-8.937819.2271
92.46311.1234-0.12715.0724-0.33531.99580.0468-0.0460.12410.0611-0.16930.414-0.13350.00050.12250.2630.05760.0150.0852-0.04610.522568.2669.178563.3602
100.93690.4538-0.04334.80540.44370.423-0.2366-0.1255-0.2453-0.2072-0.0698-0.0020.2835-0.07570.30650.34450.01290.05360.16760.05940.577569.0214-26.07855.3413
110.5867-2.96150.99072.829-0.12854.39620.0119-0.2336-0.1805-0.3608-0.15290.10680.0714-0.28660.1410.33580.0186-0.20350.2109-0.01410.388262.606-8.965446.7868
12-0.4406-0.3399-0.450.57170.49872.63440.08110.14470.039-0.3611-0.09920.21210.1138-0.23520.01810.65830.0201-0.27870.33770.0040.557360.5247-7.628341.8324
134.34031.0539-1.84051.82220.67583.47970.0793-0.5555-0.14970.19-0.0190.3609-0.32420.287-0.06030.67270.10760.29360.14820.10170.360492.38-17.492239.9079
141.8560.97230.02873.5654-0.4951.18780.1931-0.08040.1576-0.255-0.1138-0.1592-0.30060.0351-0.07930.3981-0.02580.05350.11520.0820.2604111.9547-5.605912.1269
153.2918-2.25610.17530.07160.66050.5758-0.2852-0.0294-0.12780.21890.3415-0.4107-0.04310.3629-0.05640.4618-0.0353-0.12040.33510.0460.2055116.7874-20.36629.1369
164.6409-0.473-1.24441.15191.0399-0.02060.0541-0.2258-0.26150.2390.0296-0.21530.04360.544-0.08360.47230.0731-0.03110.34340.13570.1767116.513-20.723728.1626
172.3471-0.233-0.78696.59562.54685.5434-0.2994-0.0513-0.12750.53860.4153-0.14790.54610.4229-0.11590.13220.07880.0610.1297-0.01220.164972.3147-5.5968-0.6609
181.1169-0.1321-0.65030.85560.93682.5049-0.1644-0.159-0.08880.71990.2040.17720.40020.0093-0.03960.78470.07220.15690.24910.04070.102760.63717.71824.3782
191.7448-0.4978-0.14334.97050.05751.79-0.15940.0197-0.14050.40790.2157-0.41050.22040.1655-0.05630.415-0.1309-0.13670.27820.02630.289975.766315.086613.7271
201.36421.9531.35972.29762.09453.1446-0.1204-0.14650.28420.7610.2725-0.82680.03120.4321-0.15210.33660.0184-0.16480.368-0.1660.482782.379214.783115.0778
211.8154-0.3131-0.4750.7340.03524.3186-0.1138-0.6322-0.02970.78970.0917-0.19970.05310.04260.02211.2776-0.22780.08850.5073-0.01970.175360.163124.1997104.309
222.7318-0.2669-2.09113.48550.07152.2054-0.0826-0.1944-0.04690.3411-0.089-0.2352-0.09390.10660.17160.29960.01930.00120.14920.06080.261261.483228.570884.5307
233.3672-0.6474-0.4560.83041.01972.0274-0.017-0.4642-0.00930.4669-0.0464-0.85080.15910.5360.06350.4225-0.0658-0.26190.38270.13130.51576.953121.464688.9019
240.4292-1.00051.21940.35211.52011.34850.0206-0.1733-0.39970.58670.0458-0.4995-0.22090.6238-0.06650.6484-0.1317-0.22010.41930.23470.675380.630319.575390.0387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|172 }A1 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|173 - A|274 }A173 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|0 - B|23 }B0 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|24 - B|99 }B24 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|1 - C|183 }C1 - 183
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|184 - C|274 }C184 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|0 - D|4 }D0 - 4
8X-RAY DIFFRACTION8{ D|5 - D|99 }D5 - 99
9X-RAY DIFFRACTION9{ E|1 - E|183 }E1 - 183
10X-RAY DIFFRACTION10{ E|184 - E|274 }E184 - 274
11X-RAY DIFFRACTION11{ F|1 - F|35 }F1 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12{ F|36 - F|99 }F36 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13{ G|1 - G|181 }G1 - 181
14X-RAY DIFFRACTION14{ G|182 - G|274 }G182 - 274
15X-RAY DIFFRACTION15{ H|0 - H|48 }H0 - 48
16X-RAY DIFFRACTION16{ H|49 - H|99 }H49 - 99
17X-RAY DIFFRACTION17{ I|1 - I|181 }I1 - 181
18X-RAY DIFFRACTION18{ I|182 - I|274 }I182 - 274
19X-RAY DIFFRACTION19{ J|0 - J|16 }J0 - 16
20X-RAY DIFFRACTION20{ J|17 - J|99 }J17 - 99
21X-RAY DIFFRACTION21{ K|1 - K|77 }K1 - 77
22X-RAY DIFFRACTION22{ K|78 - K|274 }K78 - 274
23X-RAY DIFFRACTION23{ L|0 - L|39 }L0 - 39
24X-RAY DIFFRACTION24{ L|40 - L|99 }L40 - 99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る