PDB-4nqi: Structure of the N-terminal I-BAR domain (1-259) of D.Discoideum IBARa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nqi

タイトル

Structure of the N-terminal I-BAR domain (1-259) of D.Discoideum IBARa

要素

SH3 domain-containing protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / I-BAR DOMAIN / MEMBRANE REMODELLING / CYTOKINESIS / ENDOCYTOSIS / LIPID BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

contractile vacuolar membrane / pore formation during contractile vacuole discharge / sorocarp stalk development / cellular component assembly / membrane invagination / intracellular water homeostasis / plasma membrane organization / filopodium tip / cellular hypotonic response / clathrin-dependent endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Witte, G. / Faix, J. / Runge-Wollmann, P.

引用

ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2014
タイトル: The inverse BAR domain protein IBARa drives membrane remodeling to control osmoregulation, phagocytosis and cytokinesis.
著者: Linkner, J. / Witte, G. / Zhao, H. / Junemann, A. / Nordholz, B. / Runge-Wollmann, P. / Lappalainen, P. / Faix, J.

履歴

登録	2013年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nqi.cif.gz	376 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nqi.ent.gz	308.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nqi_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nqi_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	4nqi_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	4nqi_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/4nqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rl5-2 3hd7-1 4rl5-1 6ek7-d 3ipd-2 3ipd-1 6yqf-d 3ok8-d 6f64-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SH3 domain-containing protein

B: SH3 domain-containing protein

C: SH3 domain-containing protein

D: SH3 domain-containing protein

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SH3 domain-containing protein

B: SH3 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SH3 domain-containing protein

D: SH3 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.100, 60.210, 147.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SH3 domain-containing protein 分子量: 30242.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: DDB_G0274805 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7FZZ0
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS HAVE AMPLIFIED THE GENE FROM GENOMIC DNA OF D.DISCOIDEUM AX2 LABORATORY STRAIN AND THE ...AUTHORS HAVE AMPLIFIED THE GENE FROM GENOMIC DNA OF D.DISCOIDEUM AX2 LABORATORY STRAIN AND THE SEQUENCE REPORTED IS PRESENT IN THE STRAINS USED IN THE PRESENT WORK. THE GENOME DATA IN THE DATABASES REFER TO LAB STRAIN AX4. (E.G. DICTYBASE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 % PEG 3350, 0.25M ammonium acetate, 15% v/v glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 100735 / Num. obs: 99218 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 10.21
反射シェル	解像度: 2.21→2.26 Å / 冗長度: 2.48 % / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 7425 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.21→48.401 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.88 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2303	2562	4.99 %	random
R_work	0.1944	-	-	-
obs	0.1962	99167	98.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→48.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7249	0	29	276	7554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7351
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.766	9860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.893	2909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1291

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2065-2.2316	0.3814	112	0.3156	2183	X-RAY DIFFRACTION	68
2.2316-2.2578	0.3307	162	0.28	3087	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2578-2.2854	0.3358	167	0.2736	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2854-2.3143	0.2832	163	0.2676	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3143-2.3448	0.3069	170	0.2559	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3448-2.3769	0.3144	166	0.25	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3769-2.4108	0.32	170	0.2473	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4108-2.4468	0.3078	158	0.2401	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4468-2.485	0.24	171	0.2254	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.485-2.5258	0.254	166	0.2278	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5258-2.5693	0.3285	173	0.2199	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5693-2.6161	0.3021	168	0.2234	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6161-2.6664	0.2346	167	0.2101	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6664-2.7208	0.2514	168	0.1942	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7208-2.7799	0.2466	162	0.1889	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7799-2.8446	0.2245	173	0.1964	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8446-2.9157	0.2642	166	0.1989	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9157-2.9946	0.235	167	0.1953	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9946-3.0827	0.2558	168	0.1939	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.1821	0.2226	167	0.1974	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1821-3.2959	0.2449	168	0.1934	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2959-3.4278	0.2144	168	0.1903	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4278-3.5837	0.2294	165	0.183	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5837-3.7726	0.2393	163	0.164	3168	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7726-4.0089	0.156	171	0.1596	3208	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0089-4.3182	0.1979	168	0.1512	3138	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3182-4.7524	0.1782	162	0.1607	3126	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7524-5.4393	0.1995	169	0.1827	3166	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4393-6.8499	0.2701	166	0.2337	3153	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8499-48.4127	0.1705	168	0.1752	3113	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)