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- PDB-4npb: The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npb
タイトルThe crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
要素Protein disulfide isomerase II
キーワードISOMERASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase DsbC/G, N-terminal domain superfamily / Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase, DsbC/G / Disulfide bond isomerase protein N-terminal domain / : / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. ...Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase DsbC/G, N-terminal domain superfamily / Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase, DsbC/G / Disulfide bond isomerase protein N-terminal domain / : / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / PHOSPHATE ION / Thiol:disulfide interchange protein / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of thiol:disulfide interchange protein DsbC from Yersinia pestis CO92
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide isomerase II
B: Protein disulfide isomerase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5645
ポリマ－49,0312
非ポリマー5323
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.894, 141.335, 41.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide isomerase II / Thiol:disulfide interchange protein (DsbC)


分子量: 24515.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: dsbC, y3275, Yersinia pestis, YPO0891, YP_3587 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q7CGT8, UniProt: A0A5P8YD62*PLUS
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.056M Sodium Phosphate monobasic monohydrate, 1.344M potassium phosphate dibasic, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30.1 Å / Num. all: 29556 / Num. obs: 29556 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.147→30.505 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1497 5.07 %
Rwork0.1918 --
obs0.194 29507 98.87 %
all-29508 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.147→30.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 33 62 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0684563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5631251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.147-2.21630.34081290.27892442X-RAY DIFFRACTION96
2.2163-2.29540.3131430.25482471X-RAY DIFFRACTION98
2.2954-2.38730.33351390.24812476X-RAY DIFFRACTION99
2.3873-2.49590.28881440.22422514X-RAY DIFFRACTION99
2.4959-2.62740.28971280.23122534X-RAY DIFFRACTION99
2.6274-2.79190.28991250.22972539X-RAY DIFFRACTION99
2.7919-3.00730.3071410.23732537X-RAY DIFFRACTION99
3.0073-3.30970.2611350.22532542X-RAY DIFFRACTION99
3.3097-3.78780.24391370.18312597X-RAY DIFFRACTION100
3.7878-4.76930.16691420.14422602X-RAY DIFFRACTION100
4.7693-30.5080.1771340.15972756X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2171-0.6698-1.59653.582.54759.0660.0193-0.1309-0.0321-0.0837-0.07690.0006-0.6509-0.24740.06460.22320.0329-0.02980.33230.0250.40431.282138.285217.7985
23.51843.6955-4.42874.4799-5.80497.7959-0.14810.2708-0.0051-0.5743-0.2320.3604-0.0563-0.19470.38440.3101-0.0066-0.07810.3351-0.02660.30326.632846.95294.0603
32.331-0.2668-0.13385.19981.80242.8924-0.00740.03430.1039-0.28670.0553-0.2807-0.28810.0625-0.03910.35520.0109-0.00040.28450.02550.201319.898253.2361.1443
43.95860.14611.51036.08763.56069.3114-0.0026-0.0045-0.33860.2122-0.20310.33140.8882-0.450.17970.3117-0.01390.03440.35670.03730.5184.851522.523317.684
52.5557-0.8599-0.19535.52760.51543.43250.0691-0.09430.05230.22760.0985-0.37880.1847-0.1031-0.16570.3182-0.0204-0.06650.2750.02170.246227.325518.896932.8937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 21 through 82 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 83 through 235 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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