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- PDB-4nox: Structure of the nine-bladed beta-propeller of eIF3b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nox
タイトルStructure of the nine-bladed beta-propeller of eIF3b
要素Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
キーワードTRANSLATION / Beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.722 Å
データ登録者Liu, Y. / Neumann, P. / Kuhle, B. / Monecke, T. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Translation initiation factor eIF3b contains a nine-bladed beta-propeller and interacts with the 40S ribosomal subunit
著者: Liu, Y. / Neumann, P. / Kuhle, B. / Monecke, T. / Schell, S. / Chari, A. / Ficner, R.
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5045
ポリマ－86,3631
非ポリマー1424
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.380, 108.380, 172.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-907-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit homolog / Translation initiation ...eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit homolog / Translation initiation factor eIF3 / p90 subunit homolog


分子量: 86362.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: PRT1, CTHT_0000230 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0RXS6
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)10.82658
シンクロトロンBESSY 14.120.97981, 0.97993, 0.97749
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2013年4月8日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2013年5月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.826581
20.979811
30.979931
40.977491
反射解像度: 2.72→48.469 Å / Num. obs: 28259 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 66.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.72-2.820.920.6153.4824198282828280.653100
2.82-2.920.970.41520868247424720.43799.9
2.92-3.120.9820.2837.5436651402540250.3100
3.12-3.740.9970.10417.8566995777477730.11100
3.74-4.050.9990.05631.4720382229922980.059100
4.05-4.360.9990.04139.4514533169716970.043100
4.36-4.6710.03246.4810136129412940.034100
4.67-1410.02756.0745737561656100.02999.9
14-1710.01587.68001121120.017100
17-500.9980.01969.938081551500.02296.8
5012

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å46.66 Å
Translation2.8 Å46.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.722→48.469 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8007 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 1412 5.01 %
Rwork0.2056 --
obs0.2069 28184 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 205.02 Å2 / Biso mean: 74.7729 Å2 / Biso min: 25.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.722→48.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3759 0 4 51 3814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8065281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.671409
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.722-2.81930.35881380.312626132751
2.8193-2.93220.29831390.284626232762
2.9322-3.06560.32621390.293726352774
3.0656-3.22720.33731380.258326302768
3.2272-3.42930.25291400.235826422782
3.4293-3.6940.23271380.208926542792
3.694-4.06560.23351420.196526732815
4.0656-4.65350.17521410.157526982839
4.6535-5.86130.1831430.162827222865
5.8613-48.47670.22691540.212428823036
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2455-0.226-0.0930.67470.17490.0785-0.2692-0.97520.07150.67210.44550.0665-0.46580.14120.61060.50520.0794-0.04781.38810.12110.42135.6122132.465446.361
20.1666-0.27750.10250.2442-0.13150.082-0.2085-0.80660.00440.26530.25410.28360.0502-0.33650.010.37850.13560.02840.86770.02270.3836119.0247136.818342.5193
30.10310.0758-0.02470.06920.07670.0639-0.3299-0.7110.13070.33280.2263-0.1749-0.2866-0.3109-0.00280.46890.17520.05040.8676-0.03790.3853107.2599139.996340.1389
40.4861-0.29470.22120.1147-0.13320.6803-0.1003-0.4316-0.26560.43980.17450.40820.0275-0.48550.08350.33530.00180.07890.60650.05910.4883112.3755138.176224.4919
50.252-0.1815-0.14620.1422-0.08390.31840.04340.20020.0436-0.21380.1648-0.1872-0.4472-0.4220.00270.2552-0.04920.02670.46520.02060.4264117.1765137.806711.8459
60.3471-0.3518-0.08630.37040.13960.51060.0312-0.0683-0.1676-0.15770.00990.194-0.0114-0.1617-0.00110.2135-0.0849-0.03460.30710.07210.3836127.7458123.297210.9858
70.6608-0.34570.08690.3098-0.02120.33610.0222-0.2627-0.083-0.0308-0.0812-0.0490.08720.4895-00.25930.0013-0.01580.44810.11340.3493143.0205122.525920.1277
80.2172-0.00830.0590.12150.17230.0818-0.3397-0.9458-0.20040.22920.40530.15850.17020.37310.00210.46110.11330.01291.08840.23080.5011138.8525123.485540.1206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESSEQ 166:212 )A166 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESSEQ 213:260 )A213 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESSEQ 261:293 )A261 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESSEQ 294:348 )A294 - 348
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESSEQ 349:401 )A349 - 401
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESSEQ 402:495 )A402 - 495
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESSEQ 496:592 )A496 - 592
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESSEQ 593:638 )A593 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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