PDB-4noi: 2.17 Angstrom Crystal Structure of DNA-directed RNA Polymerase Su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4noi

タイトル

2.17 Angstrom Crystal Structure of DNA-directed RNA Polymerase Subunit Alpha from Campylobacter jejuni.

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.17 Angstrom Crystal Structure of DNA-directed RNA Polymerase Subunit Alpha from Campylobacter jejuni.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4noi.cif.gz	203.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4noi.ent.gz	161.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4noi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4noi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4noi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6aed-d 5eqn-d 1118 4ad7-3 6q8f-1 4p0d-d 3zg1-d 5hfm-d 6zhc-d 1zym-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp90688

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

ヘテロ分子

82.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.173, 62.743, 93.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-512- HOH
2	1	B-595- HOH

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 40799.098 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1595, rpoA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9PM80, DNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	CRYSTAL GREW OVER AN EXTENDED PERIOD AND AUTHORS BELIEVE THAT PEPTIDE HYDROLYZED BETWEEN ILE-237 AND LYS-238.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 23 mG/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: PACT (F3), 0.2M Sodium iodine, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→30 Å / Num. all: 54356 / Num. obs: 54356 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 68.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2715 / R_sym value: 0.566 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.8.0046	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.17→29.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 10.183 / SU ML: 0.14
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22505	1407	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17363	-	-	-
all	0.1762	26429	-	-
obs	0.1762	26429	98.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3560	0	17	217	3794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.975	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.701	3	8198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.287	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.204	25.509	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.161	15	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.947	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	4139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.984	3.162	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.977	3.162	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.135	4.727	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.135	4.729	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.521	3.752	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.52	3.754	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.77	5.391	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.814	26.585	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.733	26.386	4008

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	82	-
R_work	0.225	1636	-
obs	-	1636	84.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3837	-0.2084	1.4113	0.4495	-0.7838	5.2058	0.0075	0.0738	0.0001	0.0009	-0.0133	-0.0091	0.0262	0.3221	0.0058	0.0428	0.0022	0.0641	0.2068	0.0139	0.098	11.3249	5.355	1.1078
2	3.035	1.1219	0.4493	2.2862	0.5409	4.1056	0.1761	0.0221	-0.0265	-0.0815	-0.0939	-0.2747	-0.0439	0.4133	-0.0821	0.0559	-0.0317	0.0412	0.0967	-0.0118	0.0518	12.1158	8.4983	-24.2357
3	2.5916	-0.4271	-1.0065	2.7917	0.7676	5.0656	0.2022	-0.0079	0.2243	-0.0284	-0.0146	-0.1168	-0.327	0.0034	-0.1876	0.0693	-0.0407	0.0627	0.0856	-0.0062	0.0917	7.5516	14.0732	-22.1212
4	0.4414	0.6492	0.4639	2.0174	-0.1819	1.5487	-0.0017	0.1187	-0.0797	-0.0799	0.0824	0.0293	0.1398	0.2447	-0.0806	0.0551	0.037	0.0417	0.2118	0.0165	0.0973	14.8976	4.9899	8.7958
5	0.5957	0.3246	0.2389	1.3177	-0.4924	1.3042	0.0078	0.1407	0.1107	-0.1241	-0.0678	0.0056	-0.1109	0.22	0.06	0.0543	0.0068	0.0146	0.1171	0.0433	0.0944	15.1871	17.967	28.1835
6	2.5121	0.8725	-1.1124	2.2702	0.021	3.444	0.2974	-0.2378	0.2767	0.3723	-0.2142	0.0167	-0.124	0.188	-0.0832	0.0747	-0.052	0.015	0.0685	-0.0277	0.0723	16.4001	15.3222	54.9122
7	2.2465	1.0907	-1.8749	2.3344	-1.7464	5.7601	-0.1191	0.0677	-0.2254	-0.2462	-0.0361	-0.1244	0.7759	-0.0763	0.1552	0.1251	-0.0223	-0.0124	0.065	-0.0004	0.1511	13.6523	4.5063	43.5822
8	0.5978	-0.064	-0.3909	1.4312	0.239	1.7214	-0.0452	0.2114	0.1558	-0.2236	0.0387	-0.039	-0.2398	0.2717	0.0065	0.1352	-0.0384	0.0077	0.2556	0.0798	0.1704	17.5784	18.6937	19.5119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	9 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	143 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	178 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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