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万見
- PDB-4noa: Truncated minor pilin PilE from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4noa
タイトルTruncated minor pilin PilE from Pseudomonas aeruginosa
要素Type 4 fimbrial biogenesis protein PilE
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type IV pilus non-core minor pilin PilE-like / Type IV minor pilin ComP, DNA uptake sequence receptor / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV pilus non-core minor pilin PilE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Nguyen, Y. / Sugiman-Marangos, S.N. / Bell, S. / Junop, M.S. / Burrows, L.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of truncated minor pilin PilE from Pseudomonas aeruginosa
著者: Nguyen, Y. / Sugiman-Marangos, S.N. / Bell, S. / Harvey, H. / Junop, M.S. / Burrows, L.L.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0931
ポリマ－12,0931
非ポリマー00
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.159, 35.560, 43.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IN UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Type 4 fimbrial biogenesis protein PilE


分子量: 12093.130 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA4556, pilE / プラスミド: pET151-D-topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: G3XD43
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月25日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 30749 / Num. obs: 30749 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 8.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 1462 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→43.181 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.68 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1753 1996 6.51 %Random
Rwork0.159 ---
obs0.1601 30645 94.82 %-
all-30645 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.969 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1712 Å20 Å21.8603 Å2
2--1.2334 Å2-0 Å2
3----2.4046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数810 0 0 244 1054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9651166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.136320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.27970.19611310.18651873X-RAY DIFFRACTION87
1.2797-1.31430.18021400.1781993X-RAY DIFFRACTION92
1.3143-1.3530.1811370.16371952X-RAY DIFFRACTION92
1.353-1.39670.18391400.16432002X-RAY DIFFRACTION94
1.3967-1.44660.16081400.14932015X-RAY DIFFRACTION94
1.4466-1.50450.18021390.14452012X-RAY DIFFRACTION94
1.5045-1.5730.15941410.14212015X-RAY DIFFRACTION95
1.573-1.65590.15341430.13582054X-RAY DIFFRACTION95
1.6559-1.75970.17111450.1452080X-RAY DIFFRACTION96
1.7597-1.89560.19461450.15772089X-RAY DIFFRACTION97
1.8956-2.08630.18541450.16092082X-RAY DIFFRACTION97
2.0863-2.38820.17651470.15562106X-RAY DIFFRACTION98
2.3882-3.00880.17421510.1682165X-RAY DIFFRACTION98
3.0088-43.20650.17031520.16472211X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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