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- PDB-4nnc: Ternary complex of ObcA with C4-CoA adduct and oxalate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nnc
タイトルTernary complex of ObcA with C4-CoA adduct and oxalate
要素OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
キーワードLYASE / alpha/beta barrel protein / oxlate biosynthase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-keto-5-aminohexanoate cleavage activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Oxalate Biosynthetic Component A, N-terminal domain / 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme / beta-keto acid cleavage enzyme / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / OXALATE ION / Oxalate Biosynthetic Component A N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia glumae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.279 Å
データ登録者Oh, J.T. / Goo, E. / Hwang, I. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Bacterial Quorum Sensing-mediated Oxalogenesis.
著者: Oh, J. / Goo, E. / Hwang, I. / Rhee, S.
履歴
登録2013年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22014年5月7日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4064
ポリマ－59,3901
非ポリマー1,0173
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
ヘテロ分子

A: OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,8128
ポリマ－118,7792
非ポリマー2,0336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
Buried area5780 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area37660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.634, 174.634, 46.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

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要素

#1: タンパク質 OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A


分子量: 59389.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア)
株: BGR1 / 遺伝子: bglu_2g18790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C5AJX5, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物 ChemComp-2KQ / (3S)-3-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-3-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 869.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O19P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M K/Na tartrate, 0.1M Sodium citrate, 2M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC Quantum Q270r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 33093 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.44
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4NNA

4nna


解像度: 2.279→36.119 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1999 6.04 %
Rwork0.2019 --
obs0.2039 33086 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.279→36.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3731 0 62 144 3937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1345269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2941440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2794-2.33640.31161380.24312138X-RAY DIFFRACTION98
2.3364-2.39960.27671410.21862191X-RAY DIFFRACTION100
2.3996-2.47020.29081400.22962176X-RAY DIFFRACTION100
2.4702-2.54990.24841400.21092179X-RAY DIFFRACTION99
2.5499-2.6410.28171400.21952182X-RAY DIFFRACTION100
2.641-2.74670.26791420.2152210X-RAY DIFFRACTION100
2.7467-2.87170.26251410.21622185X-RAY DIFFRACTION99
2.8717-3.0230.24381410.20732196X-RAY DIFFRACTION100
3.023-3.21230.27561410.20042199X-RAY DIFFRACTION100
3.2123-3.46010.23111420.20372226X-RAY DIFFRACTION100
3.4601-3.8080.21431460.18472247X-RAY DIFFRACTION100
3.808-4.35820.20471440.1732246X-RAY DIFFRACTION100
4.3582-5.48780.20431470.1782289X-RAY DIFFRACTION100
5.4878-36.12350.21741560.22932423X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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