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- PDB-4nlt: Poliovirus Polymerase - S291P Loop Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nlt
タイトルPoliovirus Polymerase - S291P Loop Mutant
要素RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
キーワードViral Protein / hydrolase / polymerase / RNA dependent RNA polymerase / RdRP / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sholders, A.J. / Peersen, O.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Distinct conformations of a putative translocation element in poliovirus polymerase.
著者: Sholders, A.J. / Peersen, O.B.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,27411
ポリマ－52,9981
非ポリマー1,27610
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.376, 129.376, 111.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase 3D-POL / P3D-POL / Genome polyprotein


分子量: 52997.895 Da / 分子数: 1 / 変異: S291P , L446D, R455D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
株: Mahoney / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P03300, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Grown in sodium acetate, cacodylate, DTT. Transferred to 250 mM sodium acetate, 30% (w/v) PEG-400, 0.1 M cacodylic acid (pH 7.0) and 2 mM DTT, Hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月6日
放射モノクロメーター: double flat Si crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 36788 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.3 / Scaling rejects: 2003
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.596.760.3582.72500736970.4100
2.59-2.696.860.33732498836420.48100
2.69-2.827.020.3163.52571336610.57100
2.82-2.967.170.2984.12624136560.71100
2.96-3.157.290.2714.72670736600.82100
3.15-3.397.360.2366.22739136971.03100
3.39-3.737.370.2058.12726136771.32100
3.73-4.277.420.17410.82765136871.6799.9
4.27-5.387.420.14412.52785736901.5299.9
5.38-29.947.340.09816.62816737211.2199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4Lデータ削減
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8281 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 3617 9.8 %Random
Rwork0.2219 ---
obs-32977 98.9 %-
溶媒の処理Bsol: 32.236 Å2
原子変位パラメータBiso max: 176.71 Å2 / Biso mean: 36.8153 Å2 / Biso min: 13.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.653 Å2-6.345 Å20 Å2
2---4.653 Å20 Å2
3---9.306 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 85 146 3939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0362.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.520.32981210.298713251446
2.52-2.530.34581640.313512621426
2.53-2.550.30691300.292912961426
2.55-2.570.37081330.287412681401
2.57-2.590.30431360.274213751511
2.59-2.610.28681700.254111951365
2.61-2.630.34111420.280712751417
2.63-2.650.2831560.262412881444
2.65-2.670.31591490.258112881437
2.67-2.690.29581650.248213161481
2.69-2.720.22581240.240312731397
2.72-2.740.31991260.281812971423
2.74-2.760.31051170.273113361453
2.76-2.790.32021070.268413251432
2.79-2.820.26551350.244413261461
2.82-2.840.27591320.252712861418
2.84-2.870.28491450.244813081453
2.87-2.90.31911630.266713351498
2.9-2.930.31681460.254612211367
2.93-2.960.22661530.255812861439
2.96-30.33021400.282313151455
3-3.030.31161430.267812631406
3.03-3.070.3091520.255513081460
3.07-3.110.38541460.275413071453
3.11-3.150.26471530.251112451398
3.15-3.190.29971240.276413531477
3.19-3.240.30541430.245413061449
3.24-3.290.26551380.239713071445
3.29-3.340.28871530.239612841437
3.34-3.390.30321420.243112961438
3.39-3.450.25191370.235812601397
3.45-3.510.291360.24612991435
3.51-3.580.28421320.221713401472
3.58-3.650.23681360.212412811417
3.65-3.730.22041620.220513031465
3.73-3.820.24561550.209112621417
3.82-3.910.27411300.208113551485
3.91-4.020.24161690.184912141383
4.02-4.140.17121080.165213511459
4.14-4.270.16141730.164812691442
4.27-4.420.19681580.155612031361
4.42-4.60.16741690.163412841453
4.6-4.810.231100.167313411451
4.81-5.060.19921340.162512921426
5.06-5.380.19951510.189812991450
5.38-5.790.271110.212112681379
5.79-6.370.27621430.22512961439
6.37-7.280.23481330.203712901423
7.28-9.120.20211260.184912941420
9.12-300.24651490.211312071356
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep3.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ajs2.param
X-RAY DIFFRACTION5ntps.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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