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万見
- PDB-4nl1: Crystal structure of B. anthracis DHPS with compound 11: (E)-N-[4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nl1
タイトルCrystal structure of B. anthracis DHPS with compound 11: (E)-N-[4-(trifluoromethyl)benzyl]-1-[4-(trifluoromethyl)phenyl]methanimine
要素Dihydropteroate Synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TIM Barrel / TIM barel / Transferase / Pterin / pABA / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z13 / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hammoudeh, D.I. / White, S.W.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Identification and characterization of an allosteric inhibitory site on dihydropteroate synthase.
著者: Hammoudeh, D.I. / Date, M. / Yun, M.K. / Zhang, W. / Boyd, V.A. / Viacava Follis, A. / Griffith, E. / Lee, R.E. / Bashford, D. / White, S.W.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate Synthase
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,19812
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,43110
水52229
1
A: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,19812
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,43110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子

B: Dihydropteroate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,19812
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,43110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.798, 98.798, 263.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

Z13

21A-301-

Z13

31A-301-

Z13

41A-301-

Z13

51B-301-

Z13

61B-301-

Z13

71B-301-

Z13

81B-301-

Z13

-
要素

#1: タンパク質 Dihydropteroate Synthase


分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: A2012 / 遺伝子: folP, BAS0071, BA_0071, GBAA_0071 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81VW8, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-Z13 / (E)-N-[4-(trifluoromethyl)benzyl]-1-[4-(trifluoromethyl)phenyl]methanimine


分子量: 331.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11F6N
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Lithium sulfate, Bis-Tris propane, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日 / 詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochrometer
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 31293 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allRsym valueΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.387.418150.4851.253154
2.38-2.487.124570.4211.335172.9
2.48-2.598.731780.4531.319193.4
2.59-2.7312.133710.4211.377199.8
2.73-2.913.534150.321.612199.8
2.9-3.1213.533980.2510.829199.9
3.12-3.431334270.2040.773199.3
3.43-3.9311.933660.1870.732196.8
3.93-4.9511.133240.1610.589193.8
4.95-309.835420.1330.445193.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TWS

1tws


解像度: 2.3→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.3059 / WRfactor Rwork: 0.2383 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7686 / SU B: 15.52 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.294 / SU Rfree: 0.2333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2525 1565 5.1 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.209 30972 89.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.76 Å2 / Biso mean: 64.7842 Å2 / Biso min: 43.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.58 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4128 0 66 29 4223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9865779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80939545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6345539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49925186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.79815777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6491525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02881
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 60 -
Rwork0.29 1157 -
all-1217 -
obs--48.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2482-0.32340.30510.782-0.10161.2839-0.0277-0.03750.0260.0450.00560.02470.2278-0.00290.0220.3663-0.04280.02920.24590.01730.0379-19.13624.2493.028
21.09210.40160.0330.49550.0020.963-0.03130.0929-0.0412-0.0643-0.06250.0365-0.05810.19280.09380.3174-0.01880.01060.28020.04380.0301-30.614.91751.516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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