PDB-4nk6: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nk6

タイトル

Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG

要素

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

キーワード

ISOMERASE / AlgG / Pseudomonas / parallel beta-helix / alginate / mannuronate / polysaccharide epimerase / lysine methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.0974 Å

データ登録者

Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Catalytic Mechanism and Mode of Action of the Periplasmic Alginate Epimerase AlgG.
著者: Wolfram, F. / Kitova, E.N. / Robinson, H. / Walvoort, M.T. / Codee, J.D. / Klassen, J.S. / Howell, P.L.

履歴

登録	2013年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nk6.cif.gz	184 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nk6.ent.gz	152.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nk6_validation.pdf.gz	424.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nk6_full_validation.pdf.gz	426 KB	表示
XML形式データ	4nk6_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	4nk6_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nk8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ozz-d 4nk8-d 6tc1-d 5z9m-d 6qtb-1 6t82-d 2odl-d 1b3k-3 5nw7-d 5z9o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.616, 126.616, 97.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-605- HOH

#1: タンパク質	Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 分子量: 55406.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP 参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

分子量: 55406.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP
参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 22.1 % / 数: 699311 / R_merge(I) obs: 0.137 / Χ²: 1.17 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31575 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.38	50	100	1	0.102	2.432	21
4.27	5.38	100	1	0.085	1.495	21.8
3.73	4.27	100	1	0.088	1.217	22.1
3.39	3.73	100	1	0.113	1.164	22.2
3.15	3.39	100	1	0.154	1.026	22.4
2.96	3.15	100	1	0.217	0.972	22.4
2.82	2.96	100	1	0.287	0.925	22.5
2.69	2.82	100	1	0.371	0.881	22.5
2.59	2.69	100	1	0.534	0.87	22.4
2.5	2.59	100	1	0.64	0.776	22.3

反射

解像度: 2.097→50 Å / Num. obs: 53161 / R_merge(I) obs: 0.088

反射シェル

解像度: 2.097→2.18 Å / 冗長度: 21.5 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 6.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.61 / 反射: 31146 / Reflection acentric: 28646 / Reflection centric: 2500

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-50	0.89	0.93	0.76	1459	1143	316
4.5-7.1	0.89	0.91	0.7	4258	3764	494
3.6-4.5	0.88	0.89	0.75	5293	4826	467
3.1-3.6	0.78	0.79	0.63	5263	4900	363
2.7-3.1	0.58	0.59	0.48	9276	8705	571
2.5-2.7	0.39	0.39	0.32	5597	5308	289

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.0974→47.813 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.95 / FOM work R set: 0.8403 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	2003	3.79 %
R_work	0.1882	-	-
obs	0.1893	52894	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.39 Å² / B_iso mean: 41.4669 Å² / B_iso min: 23.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.0974→47.813 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3354	0	0	167	3521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3420
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	4632
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.019	1272

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0974-2.1499	0.2756	140	0.2249	3507	3647	97
2.1499-2.208	0.2541	143	0.221	3613	3756	100
2.208-2.273	0.3331	140	0.301	3450	3590	96
2.273-2.3463	0.2359	142	0.2051	3651	3793	100
2.3463-2.4302	0.2148	142	0.1853	3615	3757	100
2.4302-2.5275	0.2531	143	0.1921	3622	3765	100
2.5275-2.6425	0.2642	144	0.1963	3644	3788	100
2.6425-2.7818	0.2475	140	0.1924	3611	3751	100
2.7818-2.9561	0.2273	144	0.2033	3671	3815	100
2.9561-3.1843	0.1961	142	0.2011	3651	3793	100
3.1843-3.5047	0.2234	145	0.1997	3659	3804	100
3.5047-4.0116	0.2051	144	0.1697	3671	3815	100
4.0116-5.0533	0.1615	139	0.1465	3698	3837	99
5.0533-47.8258	0.2072	155	0.1955	3828	3983	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9359	-0.1209	-0.1554	0.7023	0.3241	0.708	0.4006	0.6276	-0.6464	-0.6354	-0.4308	0.6149	-0.042	-0.2742	0.0663	0.5171	0.115	-0.2481	0.5447	-0.2218	0.5705	-17.3713	47.1679	-14.01
2	2.2186	0.8777	1.1943	3.6271	1.0853	0.7557	-0.1333	-0.2592	-0.4305	0.5717	-0.4085	1.0338	-0.0269	-0.6335	-0.074	0.262	0.0632	-0.0414	0.5889	-0.1486	0.5491	-28.3695	63.2438	12.8695
3	2.1831	0.1462	-0.085	1.2464	0.3072	1.6462	0.0923	0.0844	0.0653	-0.3704	-0.2178	0.4281	-0.1889	-0.4983	0.1113	0.3407	0.1486	-0.1606	0.4995	-0.1287	0.4918	-26.8951	69.8014	-1.2116
4	2.0005	-0.5082	-0.306	2.1656	0.2269	1.312	0.1022	-0.0437	0.0443	-0.2602	-0.1459	0.2464	-0.1007	-0.3405	0.073	0.2475	0.0746	-0.091	0.3887	-0.0782	0.3043	-15.6904	65.3675	1.2085
5	2.4798	-1.2828	-0.2544	2.4194	0.5477	1.3777	0.0262	0.0646	-0.3571	-0.3011	-0.2152	0.3545	0.1529	-0.2826	0.1016	0.2485	0.0016	-0.0864	0.3534	-0.0883	0.3135	-13.6276	53.6468	0.8933
6	2.6255	-0.6491	-0.2308	2.2095	-0.1271	1.5062	0.1094	0.0159	-0.0895	-0.2489	-0.1616	0.0817	0.0778	-0.1268	0.0666	0.2423	0.0134	-0.037	0.254	-0.0368	0.27	-0.708	49.7841	-1.3458
7	4.6227	-0.5644	-1.1567	1.4355	-0.927	4.8054	0.0955	0.046	-0.1592	-0.1765	-0.1092	0.0578	0.1831	0.0013	0.038	0.2199	0.0322	-0.0198	0.2169	-0.0137	0.3165	8.2066	42.3515	-1.1665
8	4.4205	-0.3086	-1.0755	2.64	-0.7089	4.4252	-0.0532	-0.8641	-0.1258	0.3823	-0.0015	0.2882	-0.0635	-0.2658	-0.0119	0.2666	0.0188	-0.054	0.4739	0.0237	0.4003	8.1125	41.2191	10.6343
9	2.5403	-1.6086	2.1088	6.0536	0.0891	2.5567	0.1676	-0.0211	-0.2693	0.0269	0.0377	0.0444	0.1091	0.0255	-0.2008	0.2682	0.0436	0.0031	0.3458	-0.0252	0.444	18.1578	37.2794	-2.7242

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 96 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 119 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 188 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 189 through 258 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 259 through 315 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 316 through 388 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 389 through 428 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 429 through 463 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 464 through 492 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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