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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nj0 | ||||||
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タイトル | GCN4-p1 single Val9 to Ile mutant | ||||||
要素 | General control protein GCN4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Oshaben, K.M. / Horne, W.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2014 タイトル: Tuning assembly size in Peptide-based supramolecular polymers by modulation of subunit association affinity. 著者: Oshaben, K.M. / Horne, W.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nj0.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nj0.ent.gz | 15.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/4nj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/4nj0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4043.736 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 249-281 / 変異: V9I / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 25% w/v PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月23日 / 詳細: Rigaku VariMax Optics |
放射 | モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40.96 Å / Num. obs: 5462 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.29 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZTA 解像度: 1.9→27.179 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 32.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.951 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.179 Å
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拘束条件 |
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