PDB-4ni8: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ni8

タイトル

Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from Sphingomonas paucimobilis complexed with Mn and 5-methoxyisophtalic acid

要素

5-carboxyvanillate decarboxylase

キーワード

LYASE / amidohydrolase fold / 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW / 5-methoxyisophtalic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from Sphingomonas paucimobilis complexed with Mn and 5-methoxyisophtalic acid
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ni8.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ni8.ent.gz	932.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ni8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ni8_validation.pdf.gz	510 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ni8_full_validation.pdf.gz	518.8 KB	表示
XML形式データ	4ni8_validation.xml.gz	116.1 KB	表示
CIF形式データ	4ni8_validation.cif.gz	175.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4ni8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4ni8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4icmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ng3-1 4l6d-1 4ng3-3 4l6d-3 4l6d-2 4icm-2 4l6d-4 4inf-1 6oh6-1 4qs6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 5-carboxyvanillate decarboxylase

B: 5-carboxyvanillate decarboxylase

C: 5-carboxyvanillate decarboxylase

D: 5-carboxyvanillate decarboxylase

E: 5-carboxyvanillate decarboxylase

F: 5-carboxyvanillate decarboxylase

G: 5-carboxyvanillate decarboxylase

H: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

300 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-carboxyvanillate decarboxylase

H: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5-carboxyvanillate decarboxylase

G: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 5-carboxyvanillate decarboxylase

F: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 5-carboxyvanillate decarboxylase

E: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.523, 99.896, 100.427
Angle α, β, γ (deg.)	67.04, 88.44, 68.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	5-carboxyvanillate decarboxylase 分子量: 37071.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア) 遺伝子: ligW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RJ47

-
非ポリマー , 5種, 2732分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-1WB / 5-methoxybenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-メトキシイソフタル酸分子量: 196.157 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₅
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→39.974 Å / Num. all: 308155 / Num. obs: 308155 / % possible obs: 95.75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ICM

4icm

解像度: 1.64→39.97 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	15560	5.05 %
R_work	0.148	-	-
obs	0.15	308155	95.8 %
all	-	308155	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→39.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20872	0	204	2696	23772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	21720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.135	29514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.03	8009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6443-1.663	0.248	483	0.2215	8406	X-RAY DIFFRACTION	84
1.663-1.6825	0.2607	503	0.2091	9652	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6825-1.7031	0.2382	518	0.2036	9587	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7031-1.7246	0.2384	483	0.1963	9603	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7246-1.7473	0.2369	511	0.1994	9627	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7473-1.7713	0.2528	520	0.2096	9597	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7713-1.7966	0.2484	561	0.191	9684	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7966-1.8234	0.2126	467	0.1789	9668	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8234-1.8519	0.2136	526	0.172	9625	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8519-1.8822	0.196	510	0.1648	9738	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8822-1.9147	0.2199	510	0.1635	9728	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9147-1.9495	0.1878	517	0.1586	9733	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9495-1.987	0.1892	522	0.1644	9710	X-RAY DIFFRACTION	96
1.987-2.0275	0.1887	530	0.1558	9711	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0275-2.0716	0.1976	536	0.1505	9773	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0716-2.1198	0.1805	518	0.1431	9863	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1198-2.1728	0.175	548	0.1386	9817	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1728-2.2316	0.1695	555	0.1405	9763	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2316-2.2972	0.1698	536	0.1361	9794	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2972-2.3714	0.1719	521	0.1374	9907	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3714-2.4561	0.1794	500	0.1445	9881	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4561-2.5544	0.1626	506	0.1433	9941	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5544-2.6707	0.1886	482	0.1439	9970	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6707-2.8114	0.1703	532	0.1491	9944	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8114-2.9875	0.1739	531	0.1467	9993	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9875-3.2181	0.1675	513	0.1475	10001	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2181-3.5418	0.1551	524	0.1421	9973	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5418-4.0539	0.1402	518	0.1326	9947	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0539-5.1058	0.1379	539	0.1212	9977	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1058-39.9859	0.1606	540	0.1489	9982	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4766	-0.0924	0.0075	0.5448	0.0018	0.4715	-0.0169	-0.0583	-0.0576	0.0518	0.0186	-0.0288	0.06	0.0135	-0.0006	0.0644	0.0139	-0.0038	0.078	0.0049	0.0746	49.8841	52.7627	-50.2201
2	0.467	-0.0285	-0.0515	0.4179	-0.0397	0.4067	0.0003	0.052	-0.0688	-0.0383	0.0013	-0.026	0.0558	0.0405	0.0003	0.0633	0.015	0.0039	0.0825	-0.0131	0.0763	51.4983	48.1179	-95.2832
3	0.5002	0.0425	0.0976	0.5686	0.046	0.5442	-0.0016	0.0722	0.0208	-0.0592	-0.0005	-0.0993	-0.0308	0.0995	0.0068	0.0626	0.0078	0.0244	0.1099	0.0019	0.0886	66.7542	90.4939	-99.0756
4	0.3899	-0.0128	0.0547	0.3894	-0.0907	0.3604	-0.0025	-0.0279	0.0275	0.0422	-0.0052	-0.0502	-0.0227	0.0332	0.0074	0.0501	0.0076	0.0048	0.0788	-0.0034	0.0731	65.0023	95.4779	-54.0045
5	0.3716	-0.0566	0.0699	0.4304	-0.0704	0.4083	-0.0119	-0.0123	0.0424	0.0093	0.0092	0.0298	-0.0487	-0.0321	0.0044	0.0567	0.0153	0.0104	0.0744	-0.0029	0.0746	36.2471	109.6758	-62.3105
6	0.5428	0.0585	0.1453	0.4956	0.0401	0.4101	-0.0057	0.076	0.0352	-0.0785	0.0011	0.0457	-0.0372	-0.0128	0.0035	0.0803	0.0209	-0.004	0.0946	0.0022	0.0664	34.5236	95.2759	-105.5461
7	0.5366	-0.0305	-0.0813	0.3812	-0.0134	0.4517	0.0023	0.0264	-0.0674	-0.0088	0.0014	0.0833	0.0416	-0.0548	-0.0016	0.0555	0.0022	-0.0026	0.0818	0.0012	0.0951	19.2491	55.1683	-91.0359
8	0.4688	-0.0909	-0.0451	0.5488	0.0364	0.2544	-0.0178	-0.0682	-0.0064	0.0732	0.024	0.0571	-0.0028	-0.0294	-0.0039	0.0595	0.0104	0.0111	0.0988	0.0082	0.0767	21.1827	69.2489	-48.1786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)