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万見
- PDB-4nhj: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae RstA DNA-binding domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhj
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae RstA DNA-binding domain in complex with RstA box
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'
  • DNA-binding transcriptional regulator RstA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Two-Component System / response regulator / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Response regulator (Activator) in two-component regulatory system with RstB (OmpR family) / :
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Li, Y.C. / Hsiao, C.D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural dynamics of the two-component response regulator RstA in recognition of promoter DNA element.
著者: Li, Y.C. / Chang, C.K. / Chang, C.F. / Cheng, Y.H. / Fang, P.J. / Yu, T. / Chen, S.C. / Li, Y.C. / Hsiao, C.D. / Huang, T.H.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding transcriptional regulator RstA
B: DNA-binding transcriptional regulator RstA
C: 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1124
ポリマ－41,1124
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.935, 33.313, 72.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding transcriptional regulator RstA / RstA protein


分子量: 13495.427 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 131-239 / 変異: L153M,L168M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: rstA, KPN2242_10390, KPR_2822 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0GNT0, UniProt: A6T8N1*PLUS
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3'


分子量: 6973.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RstA box leading strand
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量: 7147.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RstA box lagging strand
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, 28% PEG400, 1.32 M sodium formate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.96357, 0.97879, 0.97862
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月6日
放射モノクロメーター: LN2-cooled, fixed-exit double crystal Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.963571
20.978791
30.978621
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 11334 / Num. obs: 10418 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 60.32
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.701→25.03 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 1039 10.01 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2217 10378 91.74 %-
all-10378 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.452 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.682 Å2-0 Å2-0 Å2
2--11.26 Å20 Å2
3----20.9421 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→25.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1601 918 0 63 2582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9483779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8181055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.701-2.84350.35711310.33341180X-RAY DIFFRACTION84
2.8435-3.02140.37181350.28361213X-RAY DIFFRACTION84
3.0214-3.25420.31491390.24851247X-RAY DIFFRACTION88
3.2542-3.58090.31971440.24641293X-RAY DIFFRACTION91
3.5809-4.09710.26491560.21831405X-RAY DIFFRACTION95
4.0971-5.15450.26371590.18581436X-RAY DIFFRACTION98
5.1545-25.03090.22351750.191565X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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