PDB-4nh2: Crystal structure of AmtB from E. coli bound to phosphatidylglycerol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nh2

タイトル

Crystal structure of AmtB from E. coli bound to phosphatidylglycerol

要素

Ammonia channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / protein lipid / ammonia/ammonium channel

機能・相同性

機能・相同性情報

ammonium channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Laganowsky, A. / Reading, E. / Allison, T.M. / Robinson, C.V.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Membrane proteins bind lipids selectively to modulate their structure and function.
著者: Laganowsky, A. / Reading, E. / Allison, T.M. / Ulmschneider, M.B. / Degiacomi, M.T. / Baldwin, A.J. / Robinson, C.V.

履歴

登録	2013年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nh2.cif.gz	399.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nh2.ent.gz	329 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u7gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nop-1 2npe-1 1xqf-1 2nmr-1 6b21-1 2npc-1 3c1g-1 2npj-1 3c1i-1 1xqe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ammonia channel

B: Ammonia channel

C: Ammonia channel

D: Ammonia channel

E: Ammonia channel

F: Ammonia channel

ヘテロ分子

260 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ammonia channel

D: Ammonia channel

F: Ammonia channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ammonia channel

C: Ammonia channel

E: Ammonia channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.190, 201.190, 232.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 385 / Label seq-ID: 1 - 385

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Ammonia channel / Ammonia transporter 分子量: 42303.473 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 26-428 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: AMTB / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140NCU4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-P6L / (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE 分子量: 746.991 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15% PEG 4000, 0.8M potassium formate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.432
1	1	-1/2H+1/2K, 3/2H+1/2K, -L	2	0.287
1	1	-1/2H-1/2K, -3/2H+1/2K, -L	3	0.281

反射

解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 119767 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 40.041 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13.66

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	0.907	1.204	2.48	59395	8880	8549	1.204	96.3
2.36-2.42	0.936	0.011	2.9	64394	8663	8423	1.025	97.2
2.42-2.49	0.948	0.011	3.6	66609	8329	8213	0.804	98.6
2.49-2.57	0.964	0.011	4.49	67643	8141	8102	0.609	99.5
2.57-2.66	0.981	0.011	5.57	73949	7887	7875	0.471	99.8
2.66-2.75	0.984	0.011	6.76	82684	7640	7640	0.394	100
2.75-2.85	0.991	0.011	8.25	83535	7402	7401	0.304	100
2.85-2.97	0.99	0.011	9.98	84950	7066	7065	0.259	100
2.97-3.1	0.996	0.011	12.65	89822	6875	6873	0.19	100
3.1-3.25	0.996	0.011	14.48	86030	6534	6533	0.168	100
3.25-3.43	0.997	0.011	17.36	81205	6192	6192	0.131	100
3.43-3.64	0.998	0.011	20.69	81443	5942	5941	0.114	100
3.64-3.89	0.998	0.011	23.42	70575	5547	5544	0.096	99.9
3.89-4.2	0.998	0.011	27.8	69583	5164	5163	0.086	100
4.2-4.6	0.998	0.011	29.45	60880	4763	4763	0.078	100
4.6-5.14	0.999	0.011	30.55	55180	4334	4333	0.078	100
5.14-5.94	0.998	0.011	27.19	48797	3851	3851	0.084	100
5.94-7.27	0.999	0.011	29.51	43330	3302	3302	0.073	100
7.27-10.29	0.999	0.011	33.22	31533	2550	2549	0.057	100
10.29-38.74	0.999	0.011	35.95	16765	1487	1455	0.055	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
GDA		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U7G

1u7g

解像度: 2.3→38.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.2254 / WR_factor R_work: 0.1922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6937 / SU B: 6.834 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.0578 / SU R_free: 0.0439 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2338	5951	5 %	RANDOM
R_work	0.2017	-	-	-
obs	0.2033	119766	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.57 Å² / B_iso mean: 45.5591 Å² / B_iso min: 13.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-32.35 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-37.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	69.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15856	0	293	111	16260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	16497
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	16234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.67	1.954	22459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.313	3	36963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.089	5	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.824	23.23	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.931	15	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.554	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	18579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.346	4.395	8778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.346	4.395	8777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.121	6.571	10941

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20798	0.08
1	2	B	20798	0.08
2	1	A	21025	0.07
2	2	C	21025	0.07
3	1	A	20747	0.08
3	2	D	20747	0.08
4	1	A	20825	0.08
4	2	E	20825	0.08
5	1	A	20898	0.07
5	2	F	20898	0.07
6	1	B	21188	0.08
6	2	C	21188	0.08
7	1	B	21188	0.07
7	2	D	21188	0.07
8	1	B	21147	0.07
8	2	E	21147	0.07
9	1	B	21316	0.07
9	2	F	21316	0.07
10	1	C	21257	0.07
10	2	D	21257	0.07
11	1	C	21263	0.08
11	2	E	21263	0.08
12	1	C	21370	0.07
12	2	F	21370	0.07
13	1	D	21033	0.08
13	2	E	21033	0.08
14	1	D	21186	0.07
14	2	F	21186	0.07
15	1	E	20965	0.08
15	2	F	20965	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	417	-
R_work	0.341	7971	-
all	-	8388	-
obs	-	-	95.13 %

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