PDB-4ng0: Lar_0958 a cell surface adhesin from lactobacillus reuteri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ng0

タイトル

Lar_0958 a cell surface adhesin from lactobacillus reuteri

要素

LAR_0958 cell surface adhesin

キーワード

CELL ADHESION / ubiquitin-like beta-grasp fold / adhesin / mucus / cell surface

機能・相同性

Ribosomal Protein L9; domain 2 - #110 / Ribosomal Protein L9; domain 2 / Roll / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus reuteri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Etzold, S. / Mackenzie, D.A. / Juge, N. / Hemmings, A.M.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structural and molecular insights into novel surface-exposed mucus adhesins from Lactobacillus reuteri human strains.
著者: Etzold, S. / MacKenzie, D.A. / Jeffers, F. / Walshaw, J. / Roos, S. / Hemmings, A.M. / Juge, N.

履歴

登録	2013年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ng0.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ng0.ent.gz	61.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ng0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ng0_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ng0_full_validation.pdf.gz	414.8 KB	表示
XML形式データ	4ng0_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	4ng0_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/4ng0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/4ng0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s5x-2 2qyw-d 6s5w-1 2edb-d 2jr1-d 2jrm-d 6xl7-d 5ofx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LAR_0958 cell surface adhesin

B: LAR_0958 cell surface adhesin

C: LAR_0958 cell surface adhesin

31.3 kDa, 3 ポリマー
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1

A: LAR_0958 cell surface adhesin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LAR_0958 cell surface adhesin

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10.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: LAR_0958 cell surface adhesin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.790, 36.990, 75.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LAR_0958 cell surface adhesin 分子量: 10445.415 Da / 分子数: 3 / 断片: Single repeat (UNP residues 577-672) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri (バクテリア) 株: JCM 1112 / 遺伝子: B2G7P2_LACRJ, LAR_0958 / プラスミド: pETBlue-1 AccepTor / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3)pLacI / 参照: UniProt: B2G7P2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

LAR_0958 cell surface adhesin

分子量: 10445.415 Da / 分子数: 3 / 断片: Single repeat (UNP residues 577-672) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactobacillus reuteri (バクテリア)
株: JCM 1112 / 遺伝子: B2G7P2_LACRJ, LAR_0958 / プラスミド: pETBlue-1 AccepTor / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3)pLacI / 参照: UniProt: B2G7P2

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 25% (w/v) PEG 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2010年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.501→46.777 Å / Num. all: 45978 / Num. obs: 45978 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 11.67 Å² / R_sym value: 0.028 / Net I/σ(I): 30.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.5-1.54	3.9	0.142	5.5	13073	3327	0.142	97.8
1.54-1.58	4.1	0.123	6.4	13285	3275	0.123	99.8
1.58-1.63	4.1	0.102	7.7	13021	3195	0.102	99.8
1.63-1.68	4.1	0.083	9.4	12959	3183	0.083	99.9
1.68-1.73	4.1	0.069	11.2	12217	2985	0.069	99.9
1.73-1.79	4.1	0.06	12.9	12004	2933	0.06	99.8
1.79-1.86	4.1	0.048	15.8	11708	2854	0.048	99.9
1.86-1.94	4.1	0.039	18.9	11251	2738	0.039	99.9
1.94-2.02	4.1	0.033	21.6	10717	2599	0.033	99.9
2.02-2.12	4.1	0.028	24.9	10285	2507	0.028	100
2.12-2.24	4.1	0.027	25.4	9888	2398	0.027	99.9
2.24-2.37	4.1	0.026	25.7	9264	2261	0.026	100
2.37-2.54	4	0.025	25.8	8602	2144	0.025	99.8
2.54-2.74	3.8	0.023	25.6	7530	1968	0.023	100
2.74-3	3.7	0.021	29.9	6871	1837	0.021	99.9
3-3.36	3.8	0.021	27.9	6470	1682	0.021	99.8
3.36-3.87	3.8	0.019	31.6	5489	1433	0.019	98.7
3.87-4.75	3.9	0.016	40.7	4885	1238	0.016	97.7
4.75-6.71	3.9	0.017	39.6	3681	949	0.017	96.8
6.71-46.777	3.3	0.017	40.4	1562	472	0.017	81.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.501→29.014 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8901 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1872	2316	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1577	-	-	-
obs	0.1592	45963	99.3 %	-
all	-	45963	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.3 Å² / B_iso mean: 15.9484 Å² / B_iso min: 3.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→29.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2186	0	0	690	2876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	3141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	402
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.971	823

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5005-1.5542	0.2385	254	0.1854	4256	4510	98
1.5542-1.6164	0.2402	233	0.1748	4357	4590	100
1.6164-1.6899	0.2226	213	0.1653	4368	4581	100
1.6899-1.779	0.1975	202	0.1669	4357	4559	100
1.779-1.8905	0.1967	239	0.1683	4385	4624	100
1.8905-2.0364	0.1905	234	0.1613	4379	4613	100
2.0364-2.2412	0.1757	247	0.1546	4338	4585	100
2.2412-2.5654	0.1757	258	0.1623	4379	4637	100
2.5654-3.2314	0.1878	230	0.1536	4443	4673	100
3.2314-29.0198	0.1659	206	0.1437	4385	4591	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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