PDB-4nfx: Structure and atypical hydrolysis mechanism of the Nudix hydrolas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nfx

タイトル

Structure and atypical hydrolysis mechanism of the Nudix hydrolase Orf153 (YmfB) from Escherichia coli

要素

Putative Nudix hydrolase ymfB

キーワード

HYDROLASE / Nudix hydrolase / YmfB / Nucleoside triphosphatase / Metal ions-based catalysis / Nudix motif / phosphatase

機能・相同性

Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Hong, M.K. / Kim, J.K. / Kang, L.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Divalent metal ion-based catalytic mechanism of the Nudix hydrolase Orf153 (YmfB) from Escherichia coli
著者: Hong, M.K. / Ribeiro, A.J.M. / Kim, J.K. / Ngo, H.P.T. / Kim, J. / Lee, C.H. / Ahn, Y.J. / Fernandes, P.A. / Li, Q. / Ramos, M.J. / Kang, L.W.

履歴

登録	2013年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nfx.cif.gz	480.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nfx.ent.gz	406.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nfx_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nfx_full_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示
XML形式データ	4nfx_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	4nfx_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	3dku-1 3dku-3 3dku-2 3dku-7 3dku-8 4nfw-1 3shd-9 3dku-4 4nfw-11 455 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative Nudix hydrolase ymfB

B: Putative Nudix hydrolase ymfB

C: Putative Nudix hydrolase ymfB

D: Putative Nudix hydrolase ymfB

E: Putative Nudix hydrolase ymfB

F: Putative Nudix hydrolase ymfB

G: Putative Nudix hydrolase ymfB

H: Putative Nudix hydrolase ymfB

140 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative Nudix hydrolase ymfB

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative Nudix hydrolase ymfB

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17.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative Nudix hydrolase ymfB

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4

D: Putative Nudix hydrolase ymfB

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5

E: Putative Nudix hydrolase ymfB

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6

F: Putative Nudix hydrolase ymfB

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7

G: Putative Nudix hydrolase ymfB

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8

H: Putative Nudix hydrolase ymfB

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9

A: Putative Nudix hydrolase ymfB

B: Putative Nudix hydrolase ymfB

ソフトウェアが定義した集合体
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10

C: Putative Nudix hydrolase ymfB

D: Putative Nudix hydrolase ymfB

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E: Putative Nudix hydrolase ymfB

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ソフトウェアが定義した集合体
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12

G: Putative Nudix hydrolase ymfB

H: Putative Nudix hydrolase ymfB

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.960, 70.521, 145.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative Nudix hydrolase ymfB 分子量: 17450.854 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 'clone D i14' / 遺伝子: i14_1356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7RNP0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M sodium citrate buffer pH 4.0, 3.5%(w/v) PEG4000, 64mM magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.96405 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96405 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 40006 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 76.8 / Observed criterion σ(I): 3.1
反射シェル	解像度: 2.64→50 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→33.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / SU B: 15.229 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28807	1865	5 %	RANDOM
R_work	0.2334	-	-	-
obs	0.23617	35479	98.21 %	-
all	-	40006	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→33.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9703	0	0	202	9905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	9979
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.881	1.932	13593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.671	3	21364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.438	5	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.843	24.372	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.215	15	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.363	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.69→2.759 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	108	-
R_work	0.321	2497	-
obs	-	-	93.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3819	-0.051	0.1782	0.0451	-0.1741	0.7997	-0.0289	0.0266	0.009	0.0102	0.0006	-0.0172	0.0029	-0.0546	0.0283	0.0492	-0.0062	-0.0045	0.0262	0.0018	0.0493	14.134	2.553	30.797
2	0.0706	0.0013	-0.0162	0.2309	0.1586	1.2083	-0.0178	-0.0295	0.0024	-0.0221	-0.0029	-0.0429	0.0367	-0.0378	0.0207	0.0193	-0.0004	0.0147	0.0235	0.0075	0.0564	15.651	1.128	58.769
3	0.0638	0.0044	0.1283	0.0543	-0.0677	0.676	-0.0126	-0.031	-0.0161	0.0154	-0.0222	-0.0213	0.0088	-0.0306	0.0348	0.0191	-0.0052	0.0074	0.0457	0.0041	0.0557	21.518	34.817	48.022
4	0.299	-0.0283	0.0545	0.0619	-0.1204	0.9478	0.006	0.0019	-0.0252	0.0157	-0.0257	-0.0278	-0.0631	-0.0566	0.0197	0.0226	0.0099	0.004	0.0434	0.0079	0.0631	21.865	36.324	19.864
5	0.196	-0.1692	0.0449	0.173	-0.0223	0.8093	-0.011	-0.045	0.0249	-0.0011	0.0038	-0.0285	-0.0327	-0.0534	0.0073	0.0054	0.0165	-0.0054	0.0567	-0.0106	0.0725	-14.163	38.065	3.431
6	0.3928	0.1832	-0.0273	0.2602	-0.1832	0.8015	-0.016	0.0871	-0.0058	-0.0071	0.024	0.0359	0.0166	0.0298	-0.0081	0.0119	0.0156	0.0007	0.0546	0.0025	0.0535	-14.086	41.522	31.18
7	0.4355	-0.0648	-0.0264	0.1244	-0.0596	1.0753	-0.0136	0.0336	0.023	-0.007	-0.0746	0.006	0.0602	-0.0984	0.0883	0.004	-0.0031	0.0056	0.063	-0.0274	0.0705	-22.384	12.578	76.264
8	0.2269	0.2592	-0.1684	0.3137	-0.2192	0.9168	-0.01	0.003	-0.002	-0.0254	-0.0281	-0.0183	0.0498	0.0681	0.0382	0.0163	0.0251	0.0259	0.0549	0.0201	0.0712	-24.242	14.131	47.676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 153
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	201 - 231
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	201 - 231
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 153
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	201 - 218
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 145
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	201 - 228

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